Me extenderé un poco sobre la relación entre la naturalidad y la independencia en la elección de las bases.
La conexión es más evidente cuando se observa la transformación natural $η : \mathrm{Id} ⇒ \mathrm{Id}$ . En ese caso, la naturalidad significa que para cada $A : V → W$ tenemos $η_WA = Aη_V$ .
Obsérvese en primer lugar que la elección de la base para $V$ es lo mismo que un isomorfismo $E : ℝ^n → V$ y dado un operador $A : V → W$ y una base $F : ℝ^m → W$ , $F^{-1}AE : ℝ^n → ℝ^m$ es exactamente la matriz del operador $A$ en el par de bases dado, bajo la identificación canónica de $L(R^n, R^m)$ y $M_{mn}$ .
Ahora, aplicando la condición de naturalidad de $η$ a una elección de base $E : ℝ^n → V$ , se entiende que $η_VE = Eη_{ℝ^n}$ y por lo tanto $η_{ℝ^n} = E^{-1}η_VE$ . Esto dice literalmente que la matriz de $η_V$ es igual a (la matriz de) $η_{ℝ^n}$ en cada base $E$ de $V$ (que por cierto significa que $η$ tiene que ser igual a $rI$ para $r ∈ ℝ)$ .
En su caso tiene $η : V → V^{**}$ lo que significa que para hablar de independencia de coordenadas se necesitan bases para ambos $V$ y $V^{**}$ y no se puede pedir $η$ para ser el mismo para una elección arbitraria de estas bases. No tiene sentido intuitivamente porque todavía quieres que todo dependa sólo de la elección de la base para $V$ y obligaría a $η$ para ser $0$ de todos modos.
Afortunadamente, por la funtorialidad de $(-)^{**}$ una elección de base $E$ induce una elección de base $E' = (ℝ^n ≅ (ℝ^n)^{**} \stackrel{E^{**}}{\longrightarrow} V^{**})$ para $V^{**}$ y tenemos que $η_V$ siempre tiene el mismo aspecto en cualquier par de bases $(E, E')$ (es la matriz identidad si se elige el isomorfismo canónico para $ℝ^n ≅ (ℝ^n)^{**}$ ), por lo que $η$ vuelve a ser independiente de las coordenadas en el sentido apropiado (y el único razonable, en realidad).
En general, hablar de bases se vuelve engorroso, y es mejor pensar en automorfismos $φ : V → V$ directamente como cambios de coordenadas en $V$ o simetrías de $V$ . Entonces se puede pensar en morfismos naturales $η : FX → GX$ como de ser invariante bajo el cambio de coordenadas $(Fφ, Gφ)$ de la pareja $(FX, GX)$ que es inducido por el cambio de coordenadas del objeto base $X$ , lo que hace que el lema de que las transformaciones naturales no dependen de la elección de las coordenadas sea formalmente cierto.
Sólo hay que tener en cuenta que lo contrario no es verdadero. No todas las transformaciones entre funtores que son independientes de las coordenadas en el sentido anterior son naturales, porque la independencia de las coordenadas sólo da cuadrados de naturalidad para los isomorfismos, y no para cada morfismo en la categoría.