Aprendí que cuando un sistema aislado no está en equilibrio, su variables termodinámicas como la Entropía son indefinidas. También aprendí que cuando un sistema aislado está en equilibrio, su Entropía es máxima. Sin embargo, ambas afirmaciones juntas no tienen sentido.
Has recibido unas respuestas excelentes. Esta respuesta sólo se ofrece para una perspectiva algo diferente.
Parece que su pregunta se reduce a lo siguiente: ¿Es posible que un sistema aislado esté inicialmente en equilibrio pero que la entropía del sistema no sea máxima?
Para responder a esta pregunta y conciliar las dos afirmaciones que has presentado, quizás en lugar de preguntar si un sistema aislado está o no en equilibrio, deberíamos preguntar si el potencial porque el desequilibrio existe en un sistema aislado debido a alguna restricción en el sistema. Si el potencial de desequilibrio existe, y es posible realizar ese potencial, la entropía inicial del sistema no se maximiza. Esto coincide en cierto modo con la respuesta de @GeorgioP cuando se refería al "estado de equilibrio que se alcanza espontáneamente cuando se relajan las restricciones".
Ejemplo:
Considere un recipiente rígido aislado térmicamente sin aberturas. El recipiente está inicialmente dividido por la mitad por una barrera rígida aislada térmicamente y sin aberturas. Cada mitad del recipiente contiene un gas a diferente presión y temperatura constantes. Considere que el sistema es el contenido del recipiente (lo que lo convierte en un sistema aislado) compuesto por dos subsistemas inicialmente aislados entre sí, cada uno internamente en equilibrio.
Como la temperatura, la presión y el volumen de cada subsistema son constantes (no cambian en el tiempo), cada subsistema está internamente en equilibrio. Por tanto, se define la entropía de cada subsistema. La entropía total del sistema se define entonces como la suma de las entropías de los subsistemas.
Pregunta: ¿Está el sistema descrito en equilibrio?
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Por un lado, si definimos el equilibrio como la condición en la que las variables termodinámicas del sistema no cambian en el tiempo, nuestro sistema se consideraría en equilibrio.
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Por otro lado, si definimos el equilibrio como la condición en la que las variables termodinámicas (temperatura y presión) son iguales en todo el sistema, nuestro sistema no se consideraría en equilibrio.
Sin embargo, sabemos que si se creara una abertura en la restricción interna (barrera) por algún medio interno al sistema aislado, existiría un desequilibrio que daría lugar a una expansión irreversible del gas de mayor presión en el gas de menor presión generando entropía. Una vez restablecido el equilibrio, la entropía se maximizaría. En resumen, sabemos que existe un potencial realizable de desequilibrio teóricamente.
Espero que esto ayude.