genes expresados diferencialmente según la condición

Question

Tengo un conjunto de datos de expresión génica transformados en log2.

        Condition1-A Condition1-B Condition1-A Condition1-B Condition1-A  Condition2-B Condition2-B  Condition2-A   Condition2-A  Condition2-A 
    G1  7.208092    6.750469    8.075674    7.013972    7.449042    7.171538    6.978883    6.952459    7.151522    7.279471
    G2  3.0738758   1.9639700   2.5514604   2.5976361   1.9519020   2.9587819   0.9509838   1.3255526   3.2792520   2.4635816
    G3  -3.292569   -3.144790   1.540046    -3.596165   -3.584326   -3.204754   -3.293944   1.372275    -3.421160   -3.022793
    G4  5.935161    5.486081    5.441551    5.629999    5.265330    5.526397    5.353094    5.236713    5.404589    5.780409
    G5  5.105139    5.219205    4.789138    5.304543    5.033632    5.236399    5.367262    5.017811    4.819554    4.609520
    G6  2.610378    2.390324    3.307976    2.589459    2.670613    1.651612    2.806704    -3.319884   1.309417    2.552799

Hay dos grupos A y B de dos condiciones diferentes Condición1 y Condición2.

Quiero identificar aquellos genes que se expresan diferencialmente entre A y B en la condición1, pero estos genes no deberían expresarse diferencialmente en la condición2 o deberían estar regulados de forma opuesta en la condición2 en comparación con la condición1.

He probado diferentes contrastes como : Condición1(A-B) - Con

¿Existe algún método que me permita solucionar el problema mencionado? Cualquier ayuda es muy apreciada. Gracias.

Editado : He utilizado el modelo : Condition + Group + Group*Condition

Grupo : A y B

Condición : 1 y 2

El contraste que utilizaba era : Condición1.GrupoA-Condición1.GrupoB - Condición2.GrupoA-Condición2.GrupoB El contraste :

(Intercept)
0
GroupB
0
Condition2
-1
GroupB:Condition2
0

Código :

library(limma)
des <- model.matrix(0 ~ Condition*Group)
fit<-lmFit(data,des)
fit2<-contrasts.fit(fit,contrasts = c(0,0,-1,0))
fit2<-eBayes(fit2)

topgenes <- topTable(fit2, coef=c(1:2), adjust="fdr", sort.by="B", number=Inf)

Answer 1

No estoy seguro de que un solo contraste consiga lo que quieres. W

En primer lugar, determine todos los genes expresados diferencialmente, en la condición 1, entre los grupos A y B. Llame a ese grupo GeneSet1. A continuación, determine cuáles de esos genes se expresan de forma diferencial, en las mismas direcciones entre los grupos A y B, bajo la condición 2. Llámelo GeneSet2. Llámelo GeneSet2. Elimine de GeneSet1 todos los genes de GeneSet2. A continuación, le quedan los genes que cumplen su especificación: expresados diferencialmente en la condición 1 pero no expresados diferencialmente o diferencialmente en la dirección opuesta en la condición 2.

En cualquier caso, debería volver a comprobar cómo especifica la matriz del modelo y los contrastes en el limma paquete, siguiendo los ejemplos de las viñetas u otras referencias. Hace varios años que no intento utilizar ese paquete, pero a primera vista parece que su "contraste" no hace nada más que proporcionar el negativo de los valores de expresión génica en la condición 2 frente a la condición 1. No parece tener en cuenta los Grupos en absoluto.