La mejor justificación elemental de la topología algebraica es que proporciona una forma de demostrar rigurosamente cuándo algunos espacios no son homeomorfos. Es intuitivamente obvio, por ejemplo, que la esfera bidimensional $S^2$ y el toroide $T^2$ son espacios muy diferentes. Pero para demostrar realmente desde cero que cada mapa $S^2\to T^2$ no es biyectiva o tiene una inversa discontinua es desalentador. En cambio, en cuanto se conocen los primeros datos de la teoría de la homología o del grupo fundamental, se puede escribir una demostración en un par de líneas.
Una motivación algo más sofisticada es que la topología algebraica dispone de las mejores herramientas para dar sentido a las cuestiones que son invariantes hasta la homotopía, es decir, qué espacios son equivalentes en homotopía. El grupo fundamental (y los grupos de homotopía superiores) y la teoría (co)homológica (teorías) son tan buenos para distinguir los espacios no equivalentes a la homotopía como los no homomórficos, lo que a primera vista es aún más difícil de hacer. Ahora bien, te darás cuenta de que no he dicho nada sobre demostrar que los espacios son homeomórficos, o equivalentes homotópicos. Lo primero es imposible en general más allá de, por ejemplo, las variedades bidimensionales. Pero lo segundo es posible, al menos en teoría, para un tipo de espacio llamado complejo CW, que es el favorito de los topólogos algebraicos.
La cuestión, en general, es que la topología algebraica proporciona invariantes discretos que son material más tangible para escribir pruebas rigurosas que la motivación puramente topológica de una idea: es mucho más difícil comprender completamente un espacio, especialmente con palabras, que un grupo asociado a ese espacio. Esto refleja el patrón común de que el álgebra es más verbal y la geometría más visual.
No puedo comentar muy bien la línea divisoria entre la topología general y la topología algebraica, porque no sé nada en absoluto sobre la investigación topológica moderna que no sea ni algebraica ni geométrica (es decir, sobre los colectores).