Esta es una excelente pregunta. Por favor, corrígeme si me equivoco, pero creo que esto es a lo que te agarras:
En primer lugar, es cierto que los carbocationes terciarios son generalmente más estables que los carbocationes primarios (y los carbocationes secundarios) debido a que tienen más grupos alquilos donadores inductivos. También se puede invocar el efecto hiperconjugador para explicar las estabilidades relativas de los carbocationes primarios, secundarios y terciarios.
Segundo, estados de transición que implican carbocationes terciarios frente a carbocationes primarios son más favorables precisamente porque los carbocationes terciarios son más estables que los primarios.
Tenga en cuenta que este no significa que los carbocationes terciarios son más reactivos. Generalmente no decimos que algo que existe en un estado de transición es reactivo/no reactivo. Una de las razones es que el complejo del estado de transición no se puede captar ni observar directamente. Otra razón es que es el transición estado ... por supuesto que va a ser reactivo - ¡por supuesto que va a cambiar muy rápidamente!
Sin embargo, podemos decir que los reactivos y los productos son reactivos o no reactivos. Así, si algo pasa por un estado de transición que implica un carbocatión terciario, puede ser más reactivo que algo que pasa por un estado de transición que implica un carbocatión primario.
Por supuesto, antes de etiquetar algo como reactivo o no reactivo, harías bien en señalar exactamente qué entiendes por reactividad. Por decirlo suavemente, hay infinidad de reacciones. Un alquino como el acetileno es reactivo con respecto a la combustión; los sopletes de acetileno son habituales. Sin embargo, el acetileno no va a ser reactivo con respecto a, por ejemplo, el ataque a la espalda (por una variedad de razones).
En última instancia, creo que el problema radica en la semántica más que en la química... ¡aún así, es una buena pregunta!