El primer punto, y quizás el más importante, es que casi ninguna de las categorías que se dan en la naturaleza son esqueléticas . El axioma de elección implica que toda categoría es equivalente a una esquelética, pero tal esqueleto suele ser artificioso y no canónico. Así, aunque el uso de categorías esqueléticas simplificara la teoría de las categorías, no significaría que la sutilezas eran artificiales, sino que las sutilezas que se producen naturalmente podían ser eliminadas por una construcción artificial (el esqueleto).
Sin embargo, de hecho, los esqueletos no simplifican casi nada en la teoría de categorías. Es cierto, por ejemplo, que cualquier functor entre categorías esqueléticas que forma parte de una equivalencia de categorías es en realidad un isomorfismo de categorías. Sin embargo, esto no es realmente útil porque, como se ha mencionado anteriormente, la mayoría de las categorías interesantes no son esqueléticas. Así que, en la práctica, habría que seguir tratando con equivalencias de categorías, o bien sustituir constantemente las categorías por otras esqueléticas equivalentes, lo que es aún más tedioso (y aún se necesitaría el noción de la "equivalencia" para saber qué significa sustituir una categoría por otra "equivalente" al esqueleto).
En todos los demás ejemplos que mencionas, las categorías esqueléticas ni siquiera simplifican mucho las cosas. En general, no todo pseudofuntor entre categorías de 2 es equivalente a un functor estricto, y la esqueletalidad no te ayudará aquí. Incluso si las homocategorías de tus 2-categorías son esqueléticas, todavía puede haber pseudofunctores que no sean equivalentes a los estrictos, porque el datos de un pseudofuntor incluye isomorfismos de coherencia que pueden no ser identidades. Lo mismo ocurre con las fibraciones hendidas y divididas. Una cuestión similar se planteó en el cuadro de consulta aquí : los datos importantes pueden codificarse en isomorfismos de coherencia incluso cuando son automorfismos.
El argumento de CWM mencionado por Leonid es otro buen ejemplo de la inutilidad de los esqueletos. Aquí hay una última que me ha picado en el pasado. Mencionas que los objetos universales son únicos sólo hasta el isomorfismo (único especificado). Así que uno podría pensar que en un esqueleto categoría, los objetos universales serían únicos en la nariz. Esto es en realidad falso Porque un objeto universal no es sólo un objeto, sino un objeto junto con los datos que exhiben su propiedad universal, y un mismo objeto puede tener una determinada propiedad universal de más de una manera.
Por ejemplo, un producto de los objetos A y B es un objeto P junto con proyecciones P→A y P→B que satisfacen una propiedad universal. Si Q es otro objeto con proyecciones Q→A y Q→B y la misma propiedad, entonces a partir de las propiedades universales obtenemos un único isomorfismo especificado P≅Q. Ahora bien, si la categoría es esquelética, entonces debemos tener P=Q, pero eso no significa que el isomorfismo P≅Q sea la identidad . De hecho, si P es un producto de A y B con las proyecciones P→A y P→B, entonces al componer estas dos proyecciones con cualquier automorfismo de P se obtiene otro producto de A y B, que resulta tener el mismo objeto vértice P pero tiene diferentes proyecciones. Así que asumir que tu categoría es esquelética no hace nada más único.