Dado que se trata de una regresión lineal, se suponga que la relación
$$y_i = \mathbf x_i'\beta + \epsilon_i,\;\; \forall i$$
y así la muestra i.i.d. de tamaño $n$ es, dada nuestra suposición, una colección de observaciones
$$\{y_i,\mathbf x_i\}_{\{i\in [1,n]\}} = \{\mathbf x_i'\beta + \epsilon_i,\mathbf x_i\}_{\{i\in [1,n]\}}$$
Obsérvese que consideramos que la afirmación "muestra i.i.d." se refiere a la distribución conjunta de la muestra , es decir, del $y$ y el $\mathbf x_i$ 's. Este es el enfoque que se suele adoptar en Econometría (véase, por ejemplo Hayashi (2000) cap. 1 p. 12 - descargable legalmente ). Visto así, el "supuesto i.i.d." tiene algunas implicaciones para la distribución marginal de los errores, así como para la autocorrelación (implica la no autocorrelación de los errores), pero no cubre la homo/heteroskedasticidad condicional.
En concreto, si la muestra es (o suponemos que es) i.i.d., entonces debido a la supuesta descomposición de $y_i$ se deduce de lo anterior que el $\epsilon_i$ son i.i.d. y así $$E(\epsilon_i^2) = E(\epsilon_j^2),\;\; \forall i,j \in [1,n]$$
También
$$E(\epsilon_i^2 \mid \mathbf x_i) = E((y_i - \mathbf x_i'\beta)^2 \mid \mathbf x_i) = E(y_i^2 - 2y_i\mathbf x_i'\beta+ (\mathbf x_i'\beta)^2 \mid \mathbf x_i)$$
$$=E(y_i^2 \mid\mathbf x_i) - 2\mathbf x_i'\beta E(y_i \mid \mathbf x_i) + (\mathbf x_i'\beta)^2 $$
El $\mathbf x_i$ pueden ser i.i.d. pero esto no significa que cada realización real sea idéntica (esto convertiría los regresores en constantes). Por lo tanto, sin más suposiciones en general tendremos
$$E(\epsilon_i^2\mid\mathbf x_i ) \neq E(\epsilon_j^2\mid\mathbf x_j),\;\; i,j \in [1,n]$$
En otras palabras, la homocedasticidad condicional debe imponerse como adicional asunción. Obsérvese también que el supuesto de exogeneidad estricta (o independencia de la media) del vector de error con respecto a la matriz del regresor, $E(\epsilon \mid \mathbf X) = 0$ que para una muestra i.i.d. equivale a $E(\epsilon_i \mid \mathbf x_i) = 0,\; \forall i$ no trae consigo la homocedasticidad condicional, siendo esta última un supuesto distinto.