Creo que la respuesta es sí. Véase el ejemplo siguiente: consideramos el intervalo abierto $(-1,\infty)$ como un submanifold abierto de la variedad lisa $(i,\mathbb{R})$ con $i:\mathbb{R}\rightarrow \mathbb{R},i(x)=x$ siendo el gráfico. De la misma manera, $(i,\mathbb{R^2})$ es un colector liso con $i:\mathbb{R}^2\rightarrow\mathbb{R}^2,i(\textbf{x})=\textbf{x}$ siendo el gráfico.
Dejemos que $\varphi:(-1,\infty)\rightarrow\mathbb{R}^2$ par $\varphi(t)=\left(\frac{3t}{1+t^3},\frac{3t^2}{1+t^3} \right)$ . El rastro de $\varphi$ (con topología de subespacio) es la porción del "folium de Descartes" que se encuentra en los cuadrantes primero y segundo junto con el origen. Obsérvese que $\varphi$ es inyectiva pero cerca del origen, $\varphi^{-1}$ no es continua (ya que $\varphi(0)=\textbf{0}$ pero $\varphi(t)\rightarrow\textbf{0}$ como $t\rightarrow \infty$ ).
Por lo tanto, un mapa liso inyectivo entre variedades lisas puede tener una inversa discontinua.