Cerca del ecuador, 1 grado N-S tiene la misma longitud que 1 grado E-O.
Las zonas UTM hacen girar el sistema de coordenadas para tener un "ecuador" que pasa por los polos [1]. Las diferentes zonas fijan este "ecuador" en diferentes longitudes, o meridianos.
Por tanto, en esa longitud, en UTM, una unidad de distancia (metros) N-S es la misma E-O. Ya sea en el ecuador real en esa longitud o en los polos o en cualquier lugar en una línea intermedia.
La distorsión que ves se debe a que tus puntos están más alejados de ese meridiano del "ecuador" en una de las zonas UTM. Es como si los puntos estuvieran en el ecuador en un sistema lat-long o posicionados un poco al norte del ecuador.
Si quieres una distancia precisa, transforma a lat-long y haz una distancia elipsoidal o esférica adecuada. Esto debería estar mucho más cerca que con dos sistemas UTM.
[1] tampoco es un sistema de coordenadas esféricas lat-largas sino una proyección cilíndrica, pero cerca del meridiano UTM eso no es tan relevante para esto.