Cuando dos trenes se cruzan en el interior de un túnel, la velocidad del aire alrededor del tren aumenta, por lo que la presión disminuye (principio de Bernoulli). Siguiendo esta lógica, las ventanillas son empujadas hacia fuera porque la presión en el exterior es inferior a la del interior del tren (que sigue siendo $P_{\rm atm}$ ).
El problema es que cuando dos trenes se cruzan en un túnel la velocidad relativa entre ellos será $v = v_{\rm train\,1} - v_{\rm train\,2}$ . Así que la velocidad será inferior en comparación con la velocidad del tren que va por sí mismo.
Mi lógica debe estar equivocada porque estoy bastante seguro de que los trenes sólo reducen la velocidad cuando cruzan el túnel juntos, ¿no?