Me encontré con este problema en relación con las etiquetas que se superponen las anotaciones en ArcMap 10.6 (imagen de la izquierda), donde no se superponen en 10.5 (imagen de la derecha) ... ¿Qué me estoy perdiendo? Simplemente abrí el mxd en la versión más reciente, por lo que los ajustes son todos los mismos (yo habría adivinado, pero obviamente 10.6 ignora algunos de ellos):
Utilizo el motor de etiquetas de Maplex y ya he intentado añadir otra clase de característica poligonal que sirva de máscara para mis anotaciones, dándole un peso de característica de 1000 (tanto en el interior como en el límite) que debería bloquear todas las etiquetas que se muestren en esa zona. Pero eso simplemente se ignora.