He aquí una amplia generalización de su ejemplo que quizá lo haga parecer más natural. Dado un espacio topológico, se puede añadir cualquier número de "copias" de cualquiera de sus puntos, del mismo modo que se construye la "línea con origen doble" de $\mathbb{R}$ añadiendo otra copia de $0$ .
Para ser precisos, supongamos que $A$ es un espacio topológico, $B$ es un conjunto, y $f:B\to A$ es una función. Entonces podemos definir un espacio topológico $X=A\sqcup B$ con la siguiente topología: un conjunto $U\subseteq X$ está abierto si $U\cap A$ está abierto en $A$ y para cada $x\in U\cap B$ , $U$ contiene una vecindad eliminada de $f(x)$ en $A$ . (La idea es que cada $x\in B$ representa una nueva "copia" del punto $f(x)\in A$ ; si $A=\mathbb{R}$ , $B$ es un singleton, y $f$ mapea el punto de $B$ a $0$ entonces $X$ es exactamente la línea con origen duplicado).
Ahora supongamos además que $A$ es un compacto $T_1$ espacio, $B$ es infinito, y $f(x)$ no está aislado en $A$ para cada $x\in B$ . Entonces $X$ también es un $T_1$ espacio, y $A$ es un subconjunto compacto del mismo. Además, como $f(x)$ no está aislado para todos $x\in B$ el cierre de $A$ en $X$ es todo $X$ . Pero $X$ no es compacto, ya que para cada $x\in B$ el conjunto $A\cup\{x\}$ es abierto, y estos forman una cubierta abierta sin subcubierta finita.
En otras palabras, si tomamos un compacto $T_1$ espacio y añadir infinitas "copias" de puntos no aislados, obtenemos un ejemplo de $T_1$ espacio con un subconjunto compacto cuyo cierre no es compacto. Tu ejemplo es sólo el caso especial en el que se parte de un conjunto infinito con topología cofinita (en ese caso, la función $f$ no importa, ya que todos los puntos tienen los mismos barrios eliminados).