Con ArcGIS Pro 1.3, conda se incluye como parte de la instalación base de Python. Si puede esperar, esta es probablemente la forma más fácil de integrar los dos, ya que el entorno enviado proporcionará un conjunto coherente de paquetes utilizados por la aplicación.
Si quieres trabajar con tu entorno de Anaconda hoy, puedes hacerlo pero puede ser problemático - necesitas asegurarte de que los paquetes utilizados por la aplicación coinciden con las versiones instaladas en tu entorno de Anaconda. En particular, la versión de NumPy debe coincidir con la versión utilizada en Pro. A continuación, puede intentar añadir el ArcGISPro.pth
archivo como se menciona en los elogios de @Luke. Curtis Price también ha escrito un guía exhaustiva sobre la integración de Anaconda con ArcGIS que puede ser de utilidad.