Ingenuamente, la respuesta es "cualquier buen sistema axiomático que no sea obviamente inconsistente y que pueda proporcionar una base sólida para la aritmética".
Así que puedes trabajar con la Aritmética de Peano, o los axiomas de Peano de segundo orden, o una de las muchas teorías de conjuntos, o simplemente $\sf ZFC$ o aumentar $\sf ZFC$ por cualquier axioma cardinal grande, o por axiomas como $V=L$ y mucho más.
La cuestión aquí, es que casi nada de esto importa. La Hipótesis de Riemann es equivalente a una $\Sigma_1$ frase en el lenguaje de la aritmética, llamémosla $\varphi$ por ahora. Este es un hecho casi irrelevante, pero tiene una consecuencia interesante: basta con demostrar que $\varphi$ es válida para los números naturales para demostrar que la hipótesis es válida.
Y casi no importa cuál es el sistema axiomático que estás utilizando, ya que la mayoría de los sistemas axiomáticos básicos que permiten el desarrollo de la aritmética estarán de acuerdo en si un $\Sigma_1$ La frase es verdadera en $\Bbb N$ .
(Hay una advertencia aquí, que estos sistemas necesitan estar de acuerdo en lo que es $\Bbb N$ para empezar, pero ignoremos esto por ahora, porque podemos, e incluso una prueba bajo este supuesto sería extraordinaria y probablemente aceptada como prueba por el grueso de los matemáticos).