Hay una página web en la que se hace mención a esto: http://jeff560.tripod.com/set.html
He aquí un extracto
El símbolo del conjunto nulo (Ø) apareció por primera vez en N. Bourbaki Elementos de Matemáticas Libro 1: Estructuras fundamentales del análisis; Libro 1: Teoría de conjuntos. (Cuaderno de resultados) (1939): "algunas propiedades... no son ciertas para ningún elemento de E... la parte que definen se denomina parte vacía de E, y se designa con la notación Ø". (p. 4.)
André Weil (1906-1998) dice en su autobiografía que él fue el responsable del símbolo:
Sabiamente, habíamos decidido publicar una entrega en la que se establecía el sistema de notación para la teoría de conjuntos, en lugar de esperar al tratamiento detallado que iba a seguir: ya era hora de fijar estas notaciones de una vez por todas, y de hecho las que propusimos, que introducían una serie de modificaciones en las notaciones utilizadas anteriormente, obtuvieron la aprobación general. Mucho más tarde, mi participación en estos debates me granjeó el respeto de mi hija Nicolette, cuando aprendió el símbolo Ø del conjunto vacío en la escuela y le dije que yo había sido personalmente responsable de su adopción. El símbolo procedía del alfabeto noruego, con el que yo era el único del grupo Bourbaki que estaba familiarizado.
La cita anterior es de la página 114 de la obra de André Weil El aprendizaje de un matemático Birkhaeuser Verlag, Basilea-Boston-Berlín, 1992. Traducido del francés por Jennifer Gage. La cita ha sido facilitada por Julio González Cabillón.
También hay que tener en cuenta que Nicolas Bourbaki es un seudónimo colectivo de un grupo de matemáticos francófonos.
Respecto a tu pregunta, recuerdo que uno de mis profesores de matemáticas nos dijo que, de hecho, era una afirmación tanto de André Weil como de Claude Chevalley, pero no encuentro la cita de Chevalley.
He encontrado también esta conferencia sobre historia de las matemáticas de una universidad canadiense (en francés), donde se menciona este tema: http://www.mat.ulaval.ca/fileadmin/Cours/MAT-2500/Bourbaki.pdf