Para resolver el problema de las zonas negras es necesario proceder de esta manera:
1) crear un mosaico virtual de las imágenes con el parámetro -vrtnodata 255: gdalbuildvrt test.vrt -vrtnodata 255 *.tif
esto añade un fondo blanco al mosaico
ver esta explicación: http://lists.osgeo.org/pipermail/gdal-dev/2010-January/023032.html
2) descargar el archivo prj correcto de http://spatialreference.org/
3) ejecutar gdal2tiles python3.4 /usr/local/bin/gdal2tiles.py -p raster -s 3003.prj -v test.vrt out
NOTA: con el gdal2tiles oficial no es posible generar JPEG, sólo PNG.
ha explicado aquí en la última versión beta de código abierto de maptiler había una versión mejorada de gdal2tiles que permitía generar tiles JPEG.
https://trac.osgeo.org/gdal/ticket/5624
la opción es -tile-format jpeg
el comando completo es python gdal2tilesNew.py --tile-format jpeg -p raster -s 3003.prj prova_white.vrt output_folder_white
ESTO PARECE SER UN FORK DE LA ÚLTIMA VERSIÓN DE GDAL2TILES
https://github.com/mj10777/mapmbtiles