La lectura del comentario de Olivier me ha recordado que siempre es posible verificar rigurosamente, para una curva elíptica dada $E$ en $\mathbb Q$ para el que el rango de $E({\mathbb Q})$ es como máximo $3$ que se tiene una igualdad de rangos algebraicos y analíticos (es decir, en la notación de la pregunta, si se tiene o no $r = d$ ), suponiendo que sea realmente cierto.
La cuestión es la siguiente: se puede calcular el signo de la ecuación funcional, y por tanto la paridad del orden de desaparición de $L(E,s)$ en $s = 1$ (es decir, la paridad de $r$ , en la notación de la pregunta).
Si esta paridad es par, se procede como sigue: el cálculo de $L(E,1)/\Omega$ (donde $\Omega$ es el período real de la curva) es exacta (se hace a través de sybmols modulares), y en particular se puede determinar si $L(E,1)$ se desvanece. Si el rango de $E({\mathbb Q})$ desaparece, entonces uno espera que de hecho $L(E,1)$ es distinto de cero; si no es así, se tiene un contraejemplo de BSD.
Ahora bien, si el rango de $E({\mathbb Q})$ es igual a 2, entonces se sabe que necesariamente $L(E,1)$ desaparece, y que de hecho debe desaparecer de orden al menos 2. Por otro lado se puede aproximar la 2ª derivada de $L(E,s)$ en $s = 1$ con la precisión que uno quiera, y así, en particular, puede verificar que no es igual a cero (de nuevo, como debe ser el caso si BSD es cierto).
Si el rango de $E({\mathbb Q})$ es 1 o 3, entonces se espera que $L(E,1)$ desaparece con el orden impar, y esto se puede comprobar calculando el signo en la ecuación funcional (y si no se cumple, de nuevo se tiene un contraejemplo de BSD). La fórmula de Gross-Zagier permite calcular la derivada de $L(E,s)$ en $s = 1$ utilizando una parametrización modular explícita de $E$ y ver si el punto Heegner es de torsión o no; si no se desvanece, entonces uno sabe que el rango de $E({\mathbb Q})$ debe ser 1. Si desaparece, entonces el rango de $E({\mathbb Q})$ tendrá que ser 3 (o de lo contrario BSD falla), y uno sabe que $L(E,s)$ se desvanece en $s = 1$ a un orden impar que es mayor que 1. De nuevo, se puede verificar que la tercera derivada de $L(E,s)$ en $s = 1$ es distinto de cero, y así demostrar que el orden de desaparición es exactamente 3, verificando BSD. (De lo contrario, BSD fallaría.)
Supongo que en la práctica podría ocurrir que en el caso de rango 2 o 3, la derivada 2ª o 3ª no nula que hay que calcular fuera tan pequeña que fuera difícil de distinguir de 0. Por otro lado, se puede utilizar la fórmula conjetural para el término principal (procedente de la conjetura completa de BSD) para determinar una cota inferior esperada para este término, y de nuevo ésta debería ser una cota inferior real a menos que BSD falle. (Aquí es útil observar que el regulador y el orden de Sha aparecen en el numerador de la fórmula de BSD, por lo que no es necesario conocer Sha ni los generadores precisos de $E({\mathbb Q})$ para determinar este límite inferior).
Una vez (en 1993) leí una tesis de máster de la Universidad de Macquarie (de un estudiante llamado Chris Daniels, si no recuerdo mal) que verificaba un ejemplo de rango 3 mediante el esquema anterior. No sé cuántos otros ejemplos han sido verificados.