Como autor, pero también como árbitro, he tenido la experiencia de que las revistas no suelen estar muy contentas de tener series de artículos. En particular, si no está realmente claro si la parte 56 tiene algún contenido nuevo significativo o si sólo es incremental. Me han pedido que compruebe los manuscritos precisamente por eso y los rechace si es así (a petición de algunas revistas...)
En cierto sentido, también puedo entender esta actitud: para un posible lector es muy desalentador si tiene la parte 33 en sus manos y si tiene la impresión de que tiene que pasar por la parte 1-32, también, sólo para entender un pequeño lema en la parte 33. Esto es, por supuesto, un extremo, pero normalmente la gente está contenta si puede leer un artículo bastante corto que tenga un único resultado claro. Por supuesto, el 99% de los artículos se basan en algunos recursos anteriores, pero creo que es una buena idea escribir artículos bastante autocontenidos: al menos, mucha gente me ha dicho que personalmente lo prefiere así.
Ahora a tu problema, que no me es para nada desconocido ;) Si tienes una larga cadena de pensamientos, que van desde algunos fundamentos puros/teóricos hasta algunos ejemplos aplicados, las cosas se vuelven complicadas. Puede que no haya una buena solución, pero creo que incluso en este caso, sería bueno dividir las cosas en partes que puedan leerse de forma bastante independiente. Entonces no hay necesidad de llamar a la parte 55 parte 55, sino que será un artículo separado que puede ser presentado a la revista óptima para esta pieza de matemáticas. En privado, puedes seguir llamándola parte 55 ;)
Lo que podría ser una opción es que después de que todo el proyecto haya sido publicado en diversas revistas: escribir una buena reseña del mismo. Creo que, para los proyectos largos (de muchos años), será cada vez más importante contar con buenas reseñas de personas que realmente trabajen en este campo. Así, el lector podrá decidir si realmente tiene que echar un vistazo a todas las partes relevantes (artículos) o sólo a unas pocas. Por supuesto, elaborar una buena reseña no es en absoluto una tarea fácil, es mucho más que cortar-copiar-pegar algunos fragmentos de artículos de investigación anteriores.
Hmmm, creo que no he respondido realmente a la pregunta, pero supongo que lo que he dicho coincide quizás con tu punto 2.). Sin embargo, realmente evitaría llamar al título del documento Teoría XY, parte IIX...