Es mejor usar sólo el generador para no tener que tolerar la variabilidad del PV.
Si, cuando está completamente cargada, cada célula está a 1,2 voltios, entonces necesitarás una fuente de corriente limitada con una salida superior a 3,6 voltios para cargarlas, siendo el límite de corriente determinado por las especificaciones de las células.
Si tu generador no puede generar más de 3,6 voltios, entonces la fotovoltaica debe conectarse en serie con él.
A no ser que haya alguna razón de peso para hacerlo, la fotovoltaica y el generador no deberían conectarse en paralelo, directamente, ya que la de mayor voltaje alimentará de corriente a la de menor voltaje, posiblemente matando de hambre a la batería o aumentando su tiempo de carga.
Además, dado que un mayor voltaje hará que fluya más carga (corriente) hacia la batería, es mejor organizar las cosas de manera que el voltaje de salida del cargador sólo empuje la corriente permitida hacia la batería. Es decir, ni el exceso de voltaje en la batería ni el exceso de corriente en la misma es algo bueno.