Empecemos por considerar los usos de la multiplicación de los números complejos, ya que así es como usted trató de derivar una intuición acerca de que los cuaterniones son adecuados para la rotación en $\mathbb R^3.$
En primer lugar, cabe señalar que para utilizar los números complejos para la rotación, utilizamos la multiplicación, y que aunque $\mathbb C$ es en cierto modo isomorfo a $\mathbb R^2,$ el campo de $\mathbb C$ con la multiplicación es no isomorfo a $\mathbb R^2,$ al menos no en el sentido de que hubiéramos "adivinado" las reglas de la multiplicación compleja con sólo mirar las operaciones obvias a realizar en $\mathbb R^2.$ Ver una respuesta a una pregunta anterior para seguir discutiendo.
Consideremos ahora la función $f(x) = \cos x.$ Se trata de una transformación en $\mathbb R,$ es decir, una función $\mathbb R\to\mathbb R$ ; su entrada y salida son estrictamente unidimensionales. Pero también podemos escribir $f(x) = \Re[e^{ix}],$ es decir, podemos utilizar números complejos (que son bidimensionales en este contexto) para expresar una operación unidimensional. Esto parece añadir mucha complejidad innecesaria (juego de palabras) a algo que realmente sólo necesita una dimensión, no dos, pero los ingenieros eléctricos y los físicos descubren que esta "complejidad innecesaria" en realidad simplifica muchos cálculos.
Se podría pensar en la rotación por cuaterniones de manera similar: como una dimensión extra "innecesaria" añadida al espacio tridimensional de los objetos que quieres rotar, que resulta ser útil para el cálculo. Permitimos que los pasos intermedios del cálculo tengan esta cuarta dimensión, pero al final volveremos a estar en tres dimensiones.
En cuanto a cómo dar sentido al hecho de que $i^2 = j^2 = k^2 = -1,$ necesitamos revisar algunos detalles de cómo los cálculos con cuaterniones se relacionan con la rotación en $\mathbb R^2.$ Refiriéndose a una respuesta a otra pregunta anterior , podemos escribir un cuaternión de la forma $$ q = w + ix + jy + kz,$$ y definir el conjugado del mismo cuaternión como $$ q^* = w - ix - jy - kz,$$ es decir, el conjugado tiene la misma parte real pero partes imaginarias opuestas. También podemos ver las partes imaginarias de un cuaternión como un vector en $\mathbb R^3,$ así que $\mathbb R^3$ es (en este sentido) isomorfo al conjunto de cuaterniones puramente imaginarios.
Entonces, si tomamos un cuaternión puramente imaginario $r$ y un cuaternión unitario $q$ (tal que $qq^* = 1$ ), el producto $$ r' = qrq^* $$ da el mismo resultado $r'$ que obtendríamos si hiciéramos la identificación habitual de $r$ con un vector en $\mathbb R^3$ y lo giró en un ángulo $\theta$ alrededor de un eje $\hat n = (n_x, n_y, n_z),$ donde $$ q = \cos\frac\theta2 + (in_x + jn_y + kn_z)\sin\frac\theta2. $$
Observe que $q$ puede ser puramente imaginario sólo si $\cos\frac\theta2 = 0.$ Un cuaternión puramente imaginario corresponde a una rotación por $\pi$ radianes ( $180$ grados). Si realizas la misma rotación dos veces, vuelves al punto de partida. Así que funciona bien que $i^2 = -1,$ porque si realizamos el " $i$ " dos veces, el resultado es $$r' = i^2 r (i^2)^* = (-1)r(-1) = r,$$ como debería ser.