Tu pregunta sería mejor contestada si publicaras el esquema de tu circuito y mostraras dónde sondeaste tu circuito. De todos modos, se pueden hacer algunas consideraciones generales.
Los comprobadores de continuidad pueden funcionar de un par de maneras diferentes, pero normalmente actúan como fuentes de corriente de pequeño valor (alrededor de un mA o menos), y comprueban la tensión a través de las sondas (el valor mostrado puede ser esa tensión, o puede ser una lectura en ohmios).
El zumbador se activa sólo si la tensión es lo suficientemente baja como para considerarse un cortocircuito (es decir, la resistencia es inferior a algún mínimo predeterminado, digamos 10Ω o 1Ω, según los instrumentos).
Si hay componentes colocados a través de su traza de salida y tierra, o (más generalmente) si hay un camino en su placa hecho de componentes que lleva de la traza de salida a tierra, el probador de continuidad puede dar alguna lectura.
En resumen: sí, los condensadores pueden dar lugar a una lectura en un comprobador de continuidad. Si tienen una pequeña capacitancia y no hay otros caminos resistivos entre los puntos sondeados, debería ver que la lectura aumenta (en ohmios) mientras la corriente inyectada carga lentamente los condensadores. Si los condensadores son enormes (cientos de μF de bypass, por ejemplo) puede que no notes el aumento de la lectura a menos que esperes mucho tiempo, especialmente si la corriente inyectada es muy baja.