No se pueden ni se deben comparar. Aunque el texto de la pregunta y dos de las opciones de respuesta sean idénticos, no hay forma de comparar las opciones. El principal problema es que las opciones no pueden considerarse elementos de encuesta independientes, porque dependen de la presencia de las otras opciones de respuesta.
Considera esto: Preguntamos a la gente qué sabor de helado les gusta más. En la encuesta A les damos 5 opciones: Vainilla, Chocolate, Fresa, Avellana y Stracciatella. En la encuesta B, sólo les damos tres opciones: Vainilla, Chocolate y Arándanos.
Si intentáramos comparar si a la gente de la Encuesta A o de la Encuesta B le gusta más la Vainilla, no tendríamos forma de saberlo, porque implícitamente preguntamos qué sabor de los presentados que más les gusta. La gente en ambas encuestas podría favorecer la Stracciatella, pero en la encuesta B, esta opción no existe, por lo que la gente podría recurrir a la siguiente mejor opción, que es la Vainilla, con el resultado de que a la gente en la encuesta B parece gustarle más la Vainilla. Incluso con una opción "ninguna de las anteriores" u "otra", el problema probablemente seguirá existiendo.
En resumen: no se pueden comparar ítems de encuestas de elección simple (o doble) con diferentes conjuntos de opciones, porque las opciones no son independientes entre sí.