Es importante señalar que los orbitales atómicos son aproximaciones. En el contexto de la ecuación básica de Schrödinger del átomo de hidrógeno, son estados propios exactos de la energía, el momento angular total al cuadrado y $L_z$ , donde $z$ apunta en la dirección que quieras.
Como eigenestados energéticos, son estados estacionarios, y su evolución temporal implica una fase global que rota con la frecuencia $E/\hbar$ . Como tales, nunca pueden cambiar, lo que obviamente contradice el experimento. Llamemos a esto "problema 1".
Además: en la mecánica cuántica, el electrón es una partícula puntual. Esto lleva a interpretaciones problemáticas que tienen su utilidad, pero que no son fundamentales. Una de estas interpretaciones es que el electrón se mueve aleatoriamente de forma que está dentro de un límite orbital el 90% del tiempo. Llamamos a esto "problema 2".
Ambos problemas se abordan en la teoría cuántica de campos, en la que el electrón ya no es una partícula puntual, sino la mínima excitación del campo electrónico, un campo espinor que llena todo el espacio. Con ello, un orbital describe cómo la excitación del campo electrónico de un solo electrón se reparte por el espacio en un estado propio de energía aproximado, y cómo se propaga en el tiempo.
La función de onda representa entonces la amplitud cuántica compleja, cuyo módulo al cuadrado es la densidad de probabilidad de la ubicación del electrón. Realmente no hay una forma intuitiva (o clásica) de entender las amplitudes complejas coherentes de los campos de fermiones, aparte de que es algo parecido a cómo tratamos la luz... pero con números cuánticos conservados, antipartículas y estadística de Fermi-Dirac.
El tratamiento del campo cuántico también se aplica al campo electromagnético, que entonces añade un término de interacción al hamiltoniano y permite las transiciones entre estados. También añade pares virtuales de electrones y positrones al enlace, y eso sólo en el primer orden. La complejidad real del estado está más allá del cálculo.
Con eso, diría que la función de onda es una aproximación matemática a algo físico. Creo que este enigma es el origen de las dos famosas citas de Feynman sobre la mecánica cuántica:
Lo descorazonador,
" Creo que puedo decir con seguridad que nadie entiende la mecánica cuántica".
y lo práctico,
"Cállate y calcula"