Sus preguntas son realmente demasiado amplias para responderlas en este foro. Una de las puntos fuertes de la Termodinámica Clásica es que es "independiente de la trayectoria". Como se indica en el libro de texto, esto significa que se centra principalmente en los puntos inicial y final y no en los estados intermedios. Esto podría considerarse como una debilidad, ya que no ayuda a distinguir entre caminos alternativos, o podría ser (y es) considerado como una fortaleza, ya que su respuesta/predicción no depende de (no depende de) los estados intermedios (camino). En otras palabras, gana poder de predicción al limitarse a estados independientes de la trayectoria.
Hay muchas cosas que se pueden saber sobre un proceso, dadas sólo sus condiciones iniciales y finales. Una de las cosas que esto permitió fue el desarrollo de la Termodinámica Clásica ¡Antes del descubrimiento de la naturaleza atómica de la materia! ¡Piénsalo! Antes de conocer los átomos, podíamos predecir el balance energético (por no hablar de la entropía) de una reacción concreta.
Otra parte de su pregunta afirma que la Termodinámica "no se aplica" a los sistemas de no equilibrio. En primer lugar, hay toda una subcategoría de la Termodinámica que sí se ocupa de los sistemas alejados del equilibrio, por si te interesa. En segundo lugar, piensa en lo que estás preguntando. Usted debe saber (si se piensa en ello) que nada, nada está "en" equilibrio... todavía. Dale otros 10E15 años. Así que si realmente piensas que la Termodinámica no se puede aplicar hasta que el Universo llegue al equilibrio térmico (y energético), estás siendo un insensato. Es hace se aplica a los sistemas "cercanos" al equilibrio, lo cual es enorme y estupendamente útil (si no fuera así, sería prácticamente inútil, en mi opinión).
A mi modo de ver, se renuncia a los detalles (los pasos intermedios) porque, de lo contrario, los resultados dependerían de ellos y, si lo hicieran, tendríamos que conozca cuáles son esos pasos (estados o mecanismos) para aplicar la Termodinámica - y cada vez que nos equivocamos en los pasos intermedios (que es bastante a menudo, son mucho más difíciles de precisar porque se producen en escalas de tiempo mucho más cortas y son (por definición) mucho menos estables) nos equivocaríamos en la Termodinámica - cambiamos los detalles intermedios por predicciones más potentes sobre los resultados.
Es como si preguntaras por qué la Ley del Gas Ideal sólo se aplica a partículas puntuales sin volumen o sin interacciones entre ellas. Respuesta corta: se aplica, pero no perfectamente, a los gases del mundo real. Del mismo modo, la termodinámica se aplica, pero no perfectamente, a los sistemas del mundo real cercanos al equilibrio.