Regresión logística ordinal con Polr: Comparación de múltiples tratamientos

Question

Digamos que tengo información sobre tres estadios de cáncer (estadio 1, estadio 2, estadio 3) y tres grupos de tratamiento. Ahora me gustaría comparar si las odds ratio de estos tres grupos son diferentes.

En teoría, lo haría en R utilizando polyr(stage ~ treatment) . Pero esto sólo me daría el valor p para la comparación de

• grupo de tratamiento 1 frente a grupo de tratamiento 2
• grupo de tratamiento 1 frente al grupo de tratamiento 3

Pero también me gustaría comparar el grupo de tratamiento 2 con el grupo de tratamiento 3.

¿Cómo puede realizar las tres comparaciones (y obtener sus valores p)?

Answer 1

Puede hacerlo utilizando glht :

library(MASS)
m <- polr(Count ~ Groups)

library(multcomp)
contrasts <- c('GroupsB == 0',
               'GroupsC == 0',
               'GroupsC - GroupsB == 0')
summary(glht(m, linfct=contrasts))