En esta respuesta seguiré el comentario de Yves y añadiré referencias. Si $U = \mathbf{U}(R)$ con $\mathbf U$ una unipotencia algebraica $\mathbb Q$ -entonces se cumplen los dos hechos siguientes :
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Si $\Lambda \le U$ es un subgrupo denso de Zariski, entonces $U/\Lambda$ es compacto (Teorema 2.1 del libro de Raghunathan Subgrupos discretos de grupos de Lie ).
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Si $\Lambda_1, \Lambda_2 \le \mathbf U(\mathbb Q)$ son ambos cocompactos entonces $\Lambda_1 \cap \Lambda_2$ tiene índice finito en ambos (esto es cierto para los abelianos $U$ y cualquier subconjunto que genere la abelianización genera un subgrupo cocompacto).
Todo ello implica que para cualquier $\mathbf U, \Lambda$ como en su pregunta el subgrupo $\mathbf U(\mathbb Z) \cap \Lambda$ tiene un índice finito en $\mathbf U(\mathbb Z)$ . Entonces la respuesta (positiva) a tu pregunta se deduce de la propiedad de subgrupo de congruencia para grupos unipotentes : cualquier subgrupo de índice finito de $\mathbf U(\mathbb Z)$ contiene un subgrupo de la forma $\mathbf U(k\mathbb Z)$ .
Que esto último se cumple se puede demostrar por medios elementales (permítanme dar un esquema: esto es cierto si $U$ es abeliano, y si $\Lambda/[\Lambda, \Lambda]$ contiene la imagen de $\mathbf U(k\mathbb Z)$ en la abelianización entonces $\Lambda$ debe contener $\mathbf U(k^r\mathbb Z)$ donde $r$ es el paso de $U$ ). O probablemente se puede adaptar la prueba en el caso de las matrices triangulares superiores dada en el libro de B. Sury ( El problema de los subgrupos de congruencia: un enfoque elemental orientado a las aplicaciones Teorema 2-5.2) al caso general unipotente.