Responderé primero a la segunda de sus preguntas. Sí, podemos ampliar T à S' y lo que has escrito es una de las formas estándar de describir la extensión. Es un caso especial de un teorema más general. Si E es un espacio normado, F un espacio de Banach, y \tilde{E} la finalización de E entonces todo mapa lineal continuo L \colon E \to F tiene una única extensión lineal continua \tilde{L} \colon \tilde{E} \to F . Además este es un caso especial de un teorema más general, no necesitamos las normas, lo mismo (mutatis mutandis) vale si E es un espacio vectorial topológico, \tilde{E} su finalización y F un espacio vectorial topológico completo. Y la estructura del espacio vectorial también es irrelevante, podemos tomar E como un espacio uniforme con terminación \tilde{E} , F un espacio uniforme completo, y L \colon E \to F una función uniformemente continua. (Si aún no conoces los espacios uniformes, toma los espacios métricos).
La respuesta a su primera pregunta es más complicada. Aunque efectivamente las secuencias de Cauchy equivalentes en S corresponden a secuencias de Cauchy equivalentes en X puede ocurrir que las clases de secuencias de Cauchy no equivalentes en S corresponden a clases de secuencias de Cauchy equivalentes en X .
Me parece más transparente identificar S con el gráfico de T es decir, considerar Y = \{(u, T(u)) : u \in S\} \subset X \times X. Dotación X\times X con la norma \lVert (x,y)\rVert_{X\times X} = \lVert x\rVert_X + \lVert y\rVert_X lo convierte en un espacio de Banach (esta norma induce la topología del producto) y la proyección \pi_1 \colon (x,y) \mapsto x induce una isometría \iota \colon Y \to S cuando Y está normada por la restricción de \lVert\,\cdot\,\rVert_{X\times X} y S está normalizado por \lVert\,\cdot\,\rVert_S . Esto da una identificación de S' con \overline{Y}\subset X \times X . Y la interpretación natural de " S' está contenida en X " es que la restricción de \pi_1 à \overline{Y} establece que la inclusión, es decir, que \pi_1\lvert_{\overline{Y}} es inyectiva. Se ve fácilmente que esto es equivalente a decir que \overline{Y} es la gráfica de un mapa lineal (con dominio \pi_1(\overline{Y}) \subset X ), y a la condición (0,v) \in \overline{Y} \iff v = 0 . Así, en este sentido S' está contenida en X si y sólo si T es un operador cerrable. Puede haber inyecciones continuas S' \hookrightarrow X también en otros casos, pero la extensión de la inclusión natural S \hookrightarrow X à S' es inyectiva si y sólo si T se puede cerrar.
En resumen: en general no podemos asegurar que S' está contenida en X , pero modestas condiciones de amabilidad en T es suficiente.
La respuesta corta a la tercera pregunta es también "en general, no". Si \ker T no es un subespacio cerrado de X entonces tenemos trivialmente \ker T \subsetneqq \overline{\ker T} \subset \ker T' (bueno, si T no es cerrable las inclusiones deben ser interpretadas adecuadamente). Pero también podemos tener \ker T \subsetneqq \ker T' si \ker T está cerrado en X aunque T es continua. Consideremos en X = \ell^2(\mathbb{N}) el subespacio S de secuencias con sólo un número finito de términos no nulos, y T(u) = u - \langle u \mathop{\vert} \xi\rangle\cdot \xi donde \xi es un vector unitario con infinitos términos no nulos. Entonces T es inyectiva, S' puede identificarse naturalmente con X y \ker T' = \mathbb{C}\cdot \xi .