La pregunta parece plantearse desde un punto de vista estadístico.
En estadística, la desviación estándar (muestral) se utiliza como medida de la dispersión de los datos. Tiene muchas propiedades agradables, pero, como han dicho otros, el motivo por el que la elegimos suele ser la conveniencia.
La conveniencia proviene del hecho de que a menudo queremos minimizar la dispersión. En el caso de la desviación estándar, estos problemas de minimización suelen tener soluciones explícitas, mientras que para otras medidas de dispersión hay que recurrir a métodos numéricos en un grado mucho mayor. Además, las soluciones explícitas simplifican mucho la teoría estadística.
Sin embargo, tiene sus inconvenientes y no es la única medida de dispersión utilizada en la práctica. Un gran inconveniente es que es sensible a los valores atípicos de los datos. Si al conjunto de datos {1,2,2,3,5} se le añade el punto 100, la desviación estándar cambia mucho. No es la mejor medida para datos muy sesgados, o datos de distribuciones con colas pesadas.
Una alternativa es el rango intercuartil, la distancia entre el tercer y el primer cuartil, y la distancia media absoluta a la mediana es otra.
Véase el artículo de la wikipedia sobre Estadísticas robustas para más información.