No hay un "mejor" o "mejor" universal en ninguno de los casos. Depende de tus necesidades. Todas estas configuraciones son válidas:
simular este circuito - Esquema creado con CircuitLab
Todos ellos funcionan también con MOSFETs de canal N, y si Vcc se hace negativo (o si se considera que Vcc es "tierra"), entonces funcionan con BJTs PNP o MOSFETs de canal P. Cada uno tiene ventajas únicas:
La corriente del LED en el circuito de Q1 sólo depende de la tensión de la base, y no de Vcc, y sólo utiliza una resistencia.
En el segundo trimestre, \$V_{ce}\$ es sólo de unos 0,2V, lo que le da más tensión disponible para el LED y la resistencia que las otras configuraciones. También tiene una alta ganancia de voltaje, lo que hace que la corriente del LED sea en gran medida insensible a la tensión de entrada (además de estar encendido o apagado).
En el Q3, la corriente de la base ayuda a encender el LED, el transistor no se satura y por lo tanto puede conmutar más rápido, y sólo utiliza una resistencia.
No se me ocurren muchas razones por las que usarías el Q4 para hacer parpadear un LED, pero funciona. Este arreglo se llama base común y se aplica a los amplificadores de alta frecuencia.
Por supuesto, cada arreglo también sufre de desventajas únicas que no voy a detallar. El caso es que la respuesta a tu pregunta es "depende".
Para conocer algunas de estas posibilidades, véase ¿Por qué hay que manejar los LEDs con un emisor común?