Hay una observación popular que dice que si uno fuera capaz de contar rápidamente el número de factores primos de un número entero n, entonces probablemente sería capaz de factorizar rápidamente n por completo. Así que se cree que el problema de contar los factores primos tiene una dificultad comparable a la de la factorización en sí.
La razón es que esperamos que cualquier algoritmo de factorización que funcione sobre los enteros, también funcione sobre otros campos numéricos (ignorando por ahora la cuestión de la factorización única, que en principio puede entenderse utilizando la teoría de campos de clases). Así, por ejemplo, también deberíamos ser capaces de contar el número de factores primos sobre los enteros de Gauss, lo que eventualmente revelaría cuántos de los factores primos (racionales) del número original n eran iguales a 1 mod 4 o a 3 mod 4.
Utilizando más y más campos numéricos (pero sólo se deberían necesitar polilog(n) campos de este tipo) y utilizando varias relaciones de reciprocidad, se obtendrían más y más relaciones de congruencia sobre los distintos factores primos, y muy pronto se podría utilizar el teorema del resto chino para precisar los factores primos por completo.
En términos más generales, en el momento en que uno tiene una forma de extraer aunque sea un bit de información útil no trivial sobre los factores de un número, es probable que uno pueda variar este procedimiento sobre varios campos numéricos (o cambiando otros parámetros, por ejemplo, torciendo todo por un carácter Dirichlet) y pronto extraer suficientes bits de información para precisar los factores completamente. Lo difícil es conseguir primero ese bit útil...
[EDIT: El principio anterior parece tener una excepción, a saber, el bit de paridad de varias funciones de la teoría de los números. Por ejemplo, en el proyecto (ahora estancado) Polymath4 para encontrar primos, encontramos una forma rápida de calcular la paridad de la función de conteo de primos $\pi(x)$ pero se ha demostrado que es obstinadamente difícil perturbar este cálculo de bits de paridad para encontrar otras piezas útiles de información sobre esta función de recuento de primos].