Cabe destacar que la proyectiva $\mathcal O_X$ -módulos rara vez existen en cuanto se sale del mundo afín. Por ejemplo $\mathcal O_{\mathbb P^1_{\mathbb C}}$ no es proyectiva, ni siquiera la imagen sobreyectiva de una proyectiva.
Pero has preguntado por un esquema afín, así que estamos bien, pero quizás entonces podamos limitarnos a las resoluciones libres.
Quizás la razón más obvia responsable de que un módulo no esté libre es la torsión y quizás se pueda tener una intuición geométrica sobre ellas.
La intuición geométrica sobre la torsión es que se apoya en un subesquema propio (es decir, no en todo), algo así como la gavilla de estructura de un subesquema, o varias copias $\oplus$ -ed juntos, o hacer esto para varios subesquemas y combinarlos. Sin embargo, las resoluciones consisten en sustituir unas secciones por otras y, en el caso de las torsiones, elevarlas al esquema ambiente. Puede que sólo sea posible hacerlo localmente, pero para eso tenemos las gavillas. Por ejemplo, para la gavilla de estructura de un subesquema, el primer paso natural es elevar las secciones a la gavilla de estructura y continuar con la gavilla ideal.
Las gavillas ideales no suelen ser libres, pero por diferentes razones. Si el esquema ambiental es reducido e irreducible, entonces las láminas ideales son libres de torsión, pero eso no significa que sean libres en general. Por ejemplo, la gavilla ideal de un subesquema de codimensión al menos $2$ necesita al menos dos generadores a lo largo del subesquema que define, pero es isomorfo a la gavilla de estructura en todas las demás partes, por lo que en particular su rango es 1. La resolución más significativa de una gavilla ideal es básicamente tomar tantos elementos libres como el número mínimo de generadores necesarios para el punto que más necesita. En otras palabras, el primer paso de la resolución de una gavilla ideal es sobre cuántas funciones pueden definir el subesquema correspondiente. Luego el siguiente es sobre las relaciones entre estas funciones y así sucesivamente.
Diría que está claro que cuanto más se avanza en la resolución, más difícil debe ser dar sentido al siguiente paso. Así que, tal vez, lo mejor sea pensar en ello de forma recursiva; cada nueva sizigia es la primera sizigia de la anterior. Así podríamos tener una vaga comprensión. Y la buena noticia es que, mientras la dimensión proyectiva de nuestro módulo sea finita, estas gavillas se irán haciendo cada vez más bonitas hasta que una de ellas sea ya libre.