Voy a suponer que el RTC es un chip separado con su propio cristal, o un módulo integrado con tu microcontrolador que de nuevo tiene una fuente de tiempo separada (como un cristal de 32 kHz) del reloj principal. Y la fuente de tiempo para el RTC es más precisa que la del microcontrolador.
Para determinar la frecuencia con la que hay que leer el RTC, hay que averiguar cuál es el error máximo que puede tener el reloj principal. Por ejemplo, si el cristal principal tiene una especificación de 20 ppm, eso es lo mismo que el 0,002%. Así que un reloj basado sólo en la fuente de reloj principal podría derivar 0,00002 * 3600 * 24 = 1,728 segundos al día.
Así que si lees el RTC sólo dos veces al día, y en el medio incrementas la hora una vez por segundo usando una interrupción del temporizador, nunca estarás fuera más de un segundo - nunca estarás fuera más de un segundo en comparación con el RTC.
Si, como he supuesto antes, tu RTC es un chip independiente con su propio cristal, o un módulo integrado con tu microcontrolador, eso no significa que sea correcto. Un RTC también puede tener un error. Por ejemplo, si utiliza un cristal de 32 kHz con una tolerancia de 5 ppm (que son un poco más caros que los de 10 ppm), podría tener un error de 0,43 segundos al día - o 13 segundos al mes.
Para evitar esto, necesitarás afinar el RTC, donde escribes un factor de corrección en un registro. Hacerlo te permitirá conseguir el error prácticamente a cero. Pero, por supuesto, tendrás que tener un tercer externo fuente de reloj para usar como referencia al hacer la sintonía. Una referencia extremadamente precisa en los Estados Unidos es la línea de CA de 60 Hz, que es garantizado para ser exactamente 60*60*60*24 (5.184.000) ciclos en un periodo de 24 horas entre medias noches sucesivas. Para que esto sea útil, hay que cronometrar las 24 horas completas, ya que los 60 Hz pueden desviarse un poco entre medias noches.
Otra excelente referencia de tiempo sería utilizar el GPS (con una precisión de 10 ns), si uno ya tuviera hardware GPS en su proyecto.
Si en lugar de ello su hora RTC proviene de una fuente externa, como la hora de la red celular (llamada AT+CCLK?), o un servidor de hora de red que utilice NTP, entonces puede utilizar el valor RTC tal cual, ya que no habrá nada que "afinar".