Parece que esta es la pregunta equivocada para el problema - realmente deberías mirar de hacer que el reloj de datos funcione a una velocidad aceptable para ambos dispositivos. Si no puedes leer los datos más rápido que ~48MHz, entonces no tiene sentido sincronizarlos a 256MHz - ajusta los relojes o cambia el software para enviar más lentamente.
La mayoría de las comunicaciones de estilo I2C/SPI mueven cantidades relativamente pequeñas de datos a una velocidad relativamente baja, normalmente por debajo de 1MHz. Si tienes que mover grandes cantidades de datos, quizás sea mejor buscar líneas de datos paralelas en lugar de aumentar la velocidad del reloj. La ejecución de relojes más lentos hace que el diseño de la placa sea más fácil y el sistema más tolerante, y evita los dolores de cabeza de la RFI/EMI.
También puedes buscar en (google) el control de flujo, el handshaking, la señalización, el estiramiento del reloj, los arreglos maestro/esclavo, etc. - este problema existe desde hace mucho tiempo en toda la electrónica y ha sido resuelto de varias maneras por mentes más grandes que la nuestra.