Querido Ravi,
quizás el ejemplo más simple es uno de Serre: la superficie holomorfa de Stein $\mathbb C^\ast\times \mathbb C^\ast $ subyace a dos variedades algebraicas complejas no isomorfas.
1) $\mathbb G_m \times \mathbb G_m$
2) Un subconjunto abierto $U\subset L$ de un $\mathbb P^1$ -bundle $L$ en una curva elíptica (¡completa!) $E$ obtenido mediante la supresión de una sección $S$ de dicho bulto: $U=L\setminus S$ . Esa variedad $U$ no es afín y tiene un enorme grupo de Picard, el de la curva elíptica $E$ : $$Pic (U)=Pic (E) $$
Así que puedes utilizar dos conceptos para demostrar que $U$ y $\mathbb G_m \times \mathbb G_m$ no son algebraicamente isomorfas: afinidad y Picard. En realidad se puede utilizar un tercer concepto: ¡sólo funciones regulares! En efecto, $U$ tiene la extraña propiedad de que sus funciones regulares son constantes:, como si fuera proyectiva: $\Gamma(U, \mathcal O_U)=\mathbb C$ . ¡Pero está muy, muy lejos de ser proyectiva ya que su analítica es Stein!
Los detalles se pueden encontrar en Hartshorne's Subvariedades amplias de variedades algebraicas Capítulo VI, §3,p.232 (Springer, LNM 156). Un enlace a una discusión anterior es aquí .
Editar: Se me olvidó decir (¡pero por supuesto lo sabes mejor que yo!) que $\mathbb G_m \times \mathbb G_m$ tiene un grupo de Picard trivial: $$Pic(\mathbb G_m \times \mathbb G_m)=0$$
La forma en que lo veo es que $\mathbb G_m \times \mathbb G_m=Spec (A)$ donde $A=S^{-1}\mathbb C[X,Y]$ con $S$ el monoide multiplicativo formado por el $X^iY^j$ 's. Así que $A$ es un UFD (ya que es un anillo de fracciones de un UFD) y su espectro tiene por tanto grupo de Picard trivial.
Una formulación un poco más geométrica es que tenemos un morfismo de grupo surjetivo $Pic(S) \to Pic(V) \to 0$ válido para todo subconjunto abierto $V\subset S$ de un esquema localmente factorial $S$ [Hartshorne, Geometría Algebraica, página 133]. Aplicar a $S=\mathbb A^2$ que tiene grupo de Picard trivial y a $V=\mathbb G_m \times \mathbb G_m$ .
Segunda edición: Recordemos finalmente que el grupo de analítica paquetes de líneas en $\mathbb C^\ast\times \mathbb C^\ast $ es $\mathbb Z$ más precisamente que la primera clase de Chern es un isomorfismo $$c_1:Pic_{an}(\mathbb C^\ast\times \mathbb C^\ast)\ =H^1(\mathbb C^\ast\times \mathbb C^\ast,\mathcal O^\ast)\stackrel {\sim}{\to} H^2(\mathbb C^\ast\times \mathbb C^\ast,\mathbb Z)=\mathbb Z $$
Esto se deduce, como es habitual, de la secuencia exacta de cohomología larga asociada a la secuencia exacta exponencial $0\to\mathbb Z\to \mathcal O \to \mathcal O^\ast \to 0$ y de la desaparición de los grupos de cohomología de la gavilla coherente $\mathcal O$ debido a Steinness de $ \mathbb C^\ast\times \mathbb C^\ast$ a saber: $H^1(\mathbb C^\ast\times \mathbb C^\ast,\mathcal O)=H^2(\mathbb C^\ast\times \mathbb C^\ast,\mathcal O)=0$