La conjetura es errónea. Asintóticamente, la proporción de números eliminados es, como Ross Millikan encontrado , $\log 2$ .
Podemos verlo también de otra manera: Para $k < \sqrt{N}$ eliminamos los números $k\cdot p$ para todos los primos $\sqrt{N} < p \leqslant \frac{N}{k}$ y como ningún número $\leqslant N$ puede tener dos factores primos $> \sqrt{N}$ , no contamos ningún número varias veces. Así que el recuento de los números eliminados es
$$\sum_{k=1}^\sqrt{N} \left(\pi\left(\frac{N}{k}\right) - \pi(\sqrt{N})\right) \approx \sum_{k=1}^\sqrt{N} \pi\left(\frac{N}{k}\right) - \sqrt{N}\pi(\sqrt{N}).$$
$\sqrt{N}\pi(\sqrt{N}) \approx \frac{2N}{\log N}$ que para los pequeños $N$ es una proporción considerable de los números $\leqslant N$ pero para los grandes $N$ se vuelve insignificante.
Para la suma, subestimamos $\pi(x)$ utilizando $\frac{x}{\log x}$ Así que
$$\begin{align} \sum_{k=1}^\sqrt{N} \pi\left(\frac{N}{k}\right) &\geqslant \sum_{k=1}^\sqrt{N} \frac{N}{k(\log N - \log k)}\\ &\sim N\int_1^{\sqrt{N}} \frac{dt}{t(\log N - \log t)}\\ &= N\cdot\log 2. \end{align}$$
Generalmente, si para $1 \geqslant\alpha \geqslant \frac12$ eliminamos los múltiplos de todos los primos $> N^\alpha$ el mismo argumento muestra que la cuenta de los números eliminados es
$$\sum_{k=1}^{N^{1-\alpha}} \left(\pi\left(\frac{N}{k}\right) - \pi(N^\alpha)\right) \approx \sum_{k=1}^{N^{1-\alpha}}\pi\left(\frac{N}{k}\right) - N^{1-\alpha}\pi(N^\alpha) \approx \sum_{k=1}^{N^{1-\alpha}}\pi\left(\frac{N}{k}\right) - \frac{N}{\alpha\log N},$$
y la suma es asintótica
$$\sum_{k=1}^{N^{1-\alpha}}\pi\left(\frac{N}{k}\right) \sim N\int_1^{N^{1-\alpha}} \frac{dt}{t(\log N - \log t)} = N \int_0^{1-\alpha} \frac{dv}{1-v} = N\cdot\log \frac1\alpha,$$
así que para mantener la mitad de los números $\leqslant N$ debemos elegir $\alpha \geqslant e^{-1/2}$ .
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${\pi(n)\ln(n)\over n}\to 1$ por lo que vale la pena comparar los valores en $n$ y $n^2$ : $\pi(n^2)-\pi(n)\to {n^2 \over 2\ln n}-{n\over \ln n}$
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@abiessu: pero un primo apenas mayor que $\sqrt N$ eliminará casi $\sqrt N$ valores del conjunto. En el ejemplo, $7$ elimina $7,14,21,28,35$
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@Hecke Sí, no soy muy bueno contando cosas, de ahí esta pregunta :) Lo estoy arreglando ahora.