Visualización de un grafo no dirigido con nodos en posiciones específicas

Question

Tengo una variedad de regiones cerebrales e información sobre cómo están conectadas. (En este caso, no se trata de una RMF, sino de la información de difusión sobre los tractos de materia blanca que conectan las regiones de materia gris).

Me gustaría graficar esta información de manera sensata para entregársela al científico que me pidió esta información junto con una hoja de cálculo que describa cada conexión. Me gustaría representar tanto las posiciones de las regiones de materia gris (puedo proyectarlas en el plano sagital medio para obtener posiciones 2D o hacer algo similar) como las características de las conexiones. (Probablemente sólo 2 o tal vez 3, así que me imagino que el color y el grosor lo cortarían).

No estoy muy familiarizado con las herramientas de visualización de gráficos -- empecé con el formato graphviz dot -- pero ahora estoy leyendo sobre una multitud de herramientas. ¿Qué tipo de herramientas de visualización de gráficos debería utilizar?

Answer 1

gephi es nuevo, gratuito y potente. Recomendado.

Answer 2

He pensado en describir mi experiencia con Gephi.

Terminé escribiendo un código hacky para escribir el archivo gemf xml yo mismo porque el módulo pygexf de python parecía estar desactualizado. Después de unos cuantos tutoriales, creé estas visualizaciones:

Se mantuvieron las posiciones relativas de los nodos proyectadas en el plano sagital medio del cerebro, con los hemisferios izquierdo y derecho agrupados a la izquierda y a la derecha. El grosor de los bordes y el color representan las cantidades que más me interesan presentar.

Especialmente útil para interpretar mis datos (en los bordes es donde está toda la información interesante) fue la posibilidad de filtrar estos bordes basándose en atributos arbitrarios.

Me cuesta imaginar una herramienta que hubiera sido mejor, pero estas visualizaciones no son geniales para presentar esta información de borde que me interesa. Voy a explorar un poco más, si termino usando gephi voy a aceptar la respuesta de JohnRos y crear una nueva pregunta preguntando cómo puedo mejorar estas cifras.