¿Cómo realizar la división de la comunidad de una red social con R?

Question

Estoy intentando utilizar R para realizar la división de comunidades dentro de mi red ponderada (basada en una matriz de asociación). Lo he intentado con igraph pero he encontrado algunos problemas. Normalmente utilizo el programa Socprog (Whitehead 2009) para mi análisis, pero como me gustaría llevar a cabo una división de la comunidad con la modularidad de Newman (2006) en 1000 bootstraps de mis datos con el fin de calcular el comembership matrice resultante de toda la división de la comunidad de los bootstraps. Así que estoy buscando un script que realice una división de comunidades (Newman 2006) a partir de una matriz de asociación y que dé una lista de individuos con su cluster.

¿Alguien tiene un script en R que funcione para este análisis? Cualquier consejo para implementar este análisis sería muy apreciado.

Saludos cordiales

Answer 1

Prueba el método de Lovaina para la optimización de la modularidad. Básicamente trata de optimizar las divisiones dentro de la red agrupando y dividiendo recursivamente los nodos de abajo hacia arriba.

En R, este tipo de cosas son súper lentas, pero puedes probar el paquete igraph, combinado con sna. Este último tiene métodos para la agrupación.

Si estás abierto a otras herramientas, yo recomendaría Pajek, que hace este tipo de cosas mucho más rápido que R. Es bastante de la vieja escuela, pero funciona maravillosamentehttp://pajek.imfm.si/doku.php?id=download