Mi libro de química AP "Chemistry: the Central Science 12th edition" dice que una molécula de ácido cítrico genera 3 iones H+(aq) cuando se disuelve en agua. Mirando la fórmula estructural: 
Hay tres grupos carboxilos. Sin embargo, hay cuatro casos de un enlace -O-H. ¿Por qué no se rompen todos? Mi conjetura es que los grupos carboxilo pueden formar grupos de resonancia y, por tanto, obedecen la regla del octeto.
Tienes razón al decir que los grupos carboxilo tendrán estructuras de resonancia después de ser desprotonados. Así, los grupos carboxilo son bastante ácidos y se desprotonarán en el agua. Por otro lado, la desprotonación del grupo hidroxilo no conducirá a ninguna estabilización de la resonancia, de modo que el grupo hidroxilo será mucho menos ácido que los grupos carboxilo. De hecho, el $\mathrm{p}K_\mathrm{a}$ de los alcoholes suele estar en el rango 16-20, lo que significa que el hidrógeno alcohólico no se desprotonará en el agua. Sin embargo, puede desprotonarse en otros disolventes.
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