Mezclar unidades es siempre una receta para los problemas.
Como sabes, la aceleración angular sigue leyes similares a las de la aceleración lineal. En concreto, el ángulo $\theta$ en el momento $t$ viene dada por
$$\theta(t) = \theta(0) + \omega(0) t + \frac12\alpha t^2\tag1$$
que es el análogo de
$$x(t) = x(0) + v_0 t + \frac12 a t^2$$
En su caso, la velocidad angular se expresa en rpm -revoluciones por minuto- y normalmente queremos convertirla a radianes por segundo. $2\pi$ radianes en una revolución, 60 segundos en un minuto. Así que
$$\begin{align}\theta(0) &= 0\\ \omega(0) &= 120 * 2 \pi / 60\\ &= 4\pi\\ \theta(t) &= 90\ rev\\ &= 90 * 2 \pi\\ &= 180\pi\\ t &= 60 s\end{align}$$
Resolver $(1)$ para $\alpha$ :
$$\begin{align} \alpha &= 2\frac{\theta(t) - \omega(0) t}{t^2}\\ &=2\frac{180\pi - 240\pi}{3600}\\ &=-\frac{\pi}{30} \frac{rad}{s^2}\end{align}$$
Usted podría mantener todo en revoluciones y minutos - entonces la ecuación (y los números) sería más simple:
$$\alpha = 2\frac{90-120}{1} = -60 \frac{rpm} {min^2}$$
pero ahora hay que hacerse a la idea de las unidades de $\frac{rpm}{min^2}$ . Una vez que lo haces, te das cuenta de que la velocidad de la rueda se ha reducido a la mitad: al final del minuto está girando a sólo 60 rpm (120 - 60 = 60). El hecho de que la rueda haya girado 90 revoluciones en ese minuto tiene ahora sentido: con la aceleración lineal, la velocidad media (90 rpm) es el punto medio entre las velocidades inicial (120 rpm) y final (60 rpm)...