¿Cómo puedo actualizar un mapa/malla y coordenadas en un archivo de sesión de PyMol?

Question

Tengo un archivo de sesión de PyMol que estaba usando para crear mis figuras. Contiene una proteína y un ligando divididos en varios grupos de átomos con bastante solapamiento. También hay algunas mallas construidas a partir de un mapa de densidad para algunas figuras.

Desgraciadamente, no terminé de refinarlo, y ahora Refmac me ha dado nuevos y brillantes archivos PDB y MTZ con coordenadas y términos sutilmente diferentes. ¿Hay alguna manera de "actualizar" mis coordenadas (a pesar de los innumerables grupos, todos los átomos siguen teniendo el mismo nombre) con el nuevo PDB? Con todos los grupos que hice que se muestran/ocultan/colorean de manera diferente para varias escenas para producir todas las figuras, prefiero no recrearlo todo manualmente.

Soy más pesimista respecto al mapa/malla, pero los he creado mediante un script para poder repetirlo. ¿Debería también hacer un script de la coordenada para calcular cosas en el futuro si no está finalizado?

Answer 1

Hasta que alguien identifique una función de "actualización" en PyMol, creo que la siguiente mejor opción es usar scripts. ( Ver la wiki de pymol ) Es una solución imperfecta, pero puede funcionar para la situación presentada en el post original si se puede reproducir la sesión.

Para comenzar a capturar los comandos en PyMol, incluyendo las selecciones de menú a un archivo de script, seleccione:

File -> Log File -> Open -> myscript.pml

Cuando haya terminado de crear los paneles de visualización, seleccione:

File -> Log File -> Close

Los archivos de datos de entrada y el propio script pueden entonces actualizarse o sustituirse. En una nueva sesión de PyMol, ejecute el script con:

File -> Run Script -> myscript.pml

Para probar lo anterior, generé una sesión de PyMol donde capturé un script como el anterior. Cargué las coordenadas atómicas de una pequeña proteína, un ligando y un 2 mF _obs -D F _calc mapa de densidad de electrones. A continuación, mostré algunos paneles junto con la superficie de la malla alrededor del compuesto. A continuación, la coestructura se volvió a refinar, generando así coordenadas atómicas y mapas de densidad de electrones modificados. Reemplacé los archivos originales con las actualizaciones y ejecuté el script en una nueva sesión de PyMol. Los paneles de visualización se actualizaron en consecuencia.

Recomiendo el Taller de scripting avanzado .