Yo diría que ngspice con gspiceui (parte de gEDA creo) o LTSpice con vino como ya ha mencionado Renan.
Aquí hay una captura de pantalla de ngspice en KDE (con uno de los paquetes de complementos gráficos como nutmeg):
Tengo una caja de linux y uso la segunda opción (rara vez, ya que estoy la mayor parte del tiempo en mi portátil con Windows), simplemente porque estoy acostumbrado a LTSpice.
También hay muchos otros, incluyendo algunas variantes interesantes como eispice que afirma ser el único SPICE de código abierto que proporciona soporte nativo para el modelo IBIS (esto puede ser muy útil para muchos diseñadores digitales de alta velocidad con un presupuesto limitado - ciertamente lo comprobaré). Inicialmente estaba orientado a la simulación de la integridad de la señal en PCB, pero se ha ampliado para incluir características de propósito más general.