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Encontrar todas las reacciones químicas dados los productos y reactivos

Supongamos que sólo se da un conjunto de fórmulas químicas. Cómo puedes encontrar todas las ecuaciones químicas matemáticamente posibles cuyos eductos y productos sean sólo de este conjunto?

Tomemos, por ejemplo, el conjunto $\{ \ce{C, H2, O2, N2, CO, CO2, H2O, NH3, NO, NO2, NO3}\}$ .

O bien, considere, por ejemplo, el ejemplo de MathStackexchange: Encontrar todas las ecuaciones químicas (Álgebra Lineal) .

Encontrar todas las combinaciones y reacciones parciales entre dichas especies dadas a mano, es posiblemente increíblemente tedioso o casi imposible para sistemas de reacción química más complejos.

Supongo que estos métodos son tema de Química Matemática, Química Computacional o Quimioinformática.

3voto

redskins80 Puntos 108

Los métodos puramente combinatorios son un primer paso en la modelización de las reacciones químicas. Sin embargo, por sí solos no pueden tener en cuenta la posibilidad de las reacciones químicas y la estabilidad química de los productos de reacción.
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1.)

Puedes construir todas las combinaciones de al menos dos fórmulas, todas a partir del conjunto original de fórmulas químicas dadas, y tratar esto como tu conjunto de fórmulas dadas. Pero también puedes tratar todo el conjunto original de fórmulas químicas dadas.

Demuestro el método con el primer ejemplo dado en la pregunta:

$$\{ \ce{C, H2, N2, O2, CO, CO2, H2O, NH3, NO, NO2, NO3}\}$$

Establecemos una ecuación química con todas las fórmulas químicas que están en el conjunto dado. Dejemos que los factores estequiométricos en la ecuación química se denoten por $\nu$ . Como no sabemos cuál de las sustancias dadas será educto y cuál será producto, escribimos la ecuación química sin flecha de reacción. En su lugar, un factor estequiométrico negativo marcará posteriormente un educto, y uno positivo un producto:

$$\nu_1\ce{C}+\nu_2\ce{H2}+\nu_3\ce{N2}+\nu_4\ce{O2}+\nu_5\ce{CO}+\nu_6\ce{CO2}+\nu_7\ce{H2O}+\nu_8\ce{NH3}+\nu_9\ce{NO}+\nu_{10}\ce{NO2}+\nu_{11}\ce{NO3}$$

Tenemos que obedecer una de las primeras leyes fundamentales de la química: la Ley de las proporciones múltiples . Para cumplir esta ley, la suma total de cada elemento químico en nuestra ecuación química tiene que ser $0$ . Y si los iones están entre nuestras fórmulas químicas dadas, la suma total de todas las cargas eléctricas tiene que ser $0$ también. Pero en nuestro ejemplo no hay cargas eléctricas.

Ahora construiremos un modelo matemático de nuestro problema químico.

Para cada uno de los elementos químicos dados, tenemos que establecer su ecuación de equilibrio a partir de nuestra ecuación química anterior:

$\ce{C}:\ \ \ \nu_1+\nu_5+\nu_6=0$
$\ce{H}:\ \ \ 2\nu_2+2\nu_7+3\nu_8=0$
$\ce{N}:\ \ \ 2\nu_3+\nu_8+\nu_9+\nu_{10}+\nu_{11}=0$
$\ce{O}:\ \ \ 2\nu_4+\nu_5+2\nu_6+\nu_7+\nu_9+2\nu_{10}+3\nu_{11}=0$

Se trata de un sistema de ecuaciones lineales. En el caso general, también resulta un sistema de ecuaciones lineales. Está formado por los coeficientes (los números anteriores) y los factores estequiométricos $\nu_i$ que se buscan. En nuestro ejemplo, el sistema de ecuaciones tiene 4 ecuaciones (el número de elementos químicos diferentes y la carga eléctrica) y 11 incógnitas (el número de fórmulas químicas del conjunto dado).

El Álgebra Lineal dice cómo se puede manejar un sistema de ecuaciones lineales. Aquí utilizamos la presentación matricial.

Cada una de las 11 fórmulas químicas dadas se presenta mediante un vector de columnas que contiene la frecuencia de aparición de cada elemento químico en la fórmula química en un orden prescrito. Cada uno de los 4 elementos químicos dados se presenta mediante un vector de filas que contiene la frecuencia de aparición del elemento químico en las fórmulas químicas en un orden prescrito.

Los 11 vectores columna o los 4 vectores brutos del sistema de ecuaciones se combinan para obtener la matriz de coeficientes $A$ . Nuestros 11 coeficientes estequiométricos deseados construyen el vector solución $x$ que se busca. La representación matricial de nuestro sistema de ecuaciones lineales es que:

$$A\cdot x=\emptyset,$$

donde $\emptyset$ es el vector de columna cero con 4 filas. Se escribe:

$$\left( \begin{array}{} 1&0&0&0&1&1&0&0&0&0&0\\ 0&2&0&0&0&0&2&3&0&0&0\\ 0&0&2&0&0&0&0&1&1&1&1\\ 0&0&0&2&1&2&1&0&1&2&3 \end{array} \right) \cdot \left( \begin{array}{} \nu_1\\\nu_2\\\nu_3\\\nu_4\\\nu_5\\\nu_6\\\nu_7\\\nu_8\\\nu_9\\\nu_{10}\\\nu_{11} \end{array} \right) =\left(\begin{array}{}0\\0\\0\\0\end{array}\right)$$

El vector solución $x$ se puede encontrar resolviendo el sistema de ecuaciones lineales por métodos de Álgebra Lineal.

El vector solución de nuestro ejemplo es:

$$x=\left( \begin{array}{c} 2\nu_4+\nu_6+\nu_7+\nu_9+2\nu_{10}+3\nu_{11}\\-\nu_7+3\nu_3+\frac{3}{2}\nu_9+\frac{3}{2}\nu_{10}+\frac{3}{2}\nu_{11}\\\nu_3\\\nu_4\\-2\nu_4-2\nu_6-\nu_7-\nu_9-2\nu_{10}-3\nu_{11}\\\nu_6\\\nu_7\\-2\nu_3-\nu_9-\nu_{10}-\nu_{11}\\\nu_9\\\nu_{10}\\\nu_{11} \end{array} \right)$$

Las diferentes ecuaciones químicas combinatorias posibles se obtienen eligiendo valores adecuados para las variables libres $\nu_3,\nu_4,\nu_6,\nu_7,\nu_9,\nu_{10},\nu_{11}$ .
$\ $

2.)

Se podrían hacer más investigaciones buscando las soluciones que no contienen ninguna otra solución. Estas son las soluciones mínimas, es decir, las soluciones que son linealmente independientes de las otras soluciones.

He encontrado 663 ecuaciones químicas y 83 soluciones mínimas para el ejemplo anterior.

Generar sólo las soluciones mínimas en tiempo polinómico requiere algoritmos particulares:

Schay, G.; Pethö, Á.: Sobre los fundamentos matemáticos de la estequiometría. Acta Chim. Acad. Sci. Hung. 32 (1962) 59-67

Pethö, Á.: Sobre la teoría de la estequiometría de los sistemas de reacción química. Wissenschaftl. Zeitschr. 6 (1964) 13-15

Pethö, Á.: Tratamiento algebraico de una clase de reacciones químicas en estequiometría. Acta Chim. Acad. Sci. Hung. 54 (1967) 107-117

Pethö, Á.: Sobre una clase de soluciones de ecuaciones lineales homogéneas algebraicas. Acta Math. Acad. Sci. Hung. 18 (1967) 19-23

Pethö, Á.: Análisis algebraico de una clase de reacciones químicas. Revista Química Húngara 74 (1968) 488-491

Kumar, S.; Pethö, Á: Nota sobre un problema combinatorio para la estequiometría de las reacciones químicas. Int. Chem. Eng. 25 (1985) 767-769

Pethö, Á.: La relación lineal entre la estequiometría y el análisis dimensional. Chem. Eng. Technol. 13 (1990) 328-332

Szalkai, I.: Generación de reacciones mínimas en estequiometría mediante álgebra lineal. Hung. J. Ind. Chem. 19 (1991) 289-292
con un código de software al final del artículo

Pethö, Á.: Discusión matemática de la aplicación de la ley de Hess. Hung. J. Ind. Chem. 21 (1993) 35-38

Pethö, Á.: Otras observaciones sobre la relación lineal entre la estequiometría y el análisis dimensional. Chem. Eng. Techn. Chem. Eng. Tech. 17 (1994) (1) 47-49

Pethö, Á.: Observaciones adicionales sobre la analogía entre la estequiometría y el análisis dimensional: La operación de valoración. Hung. J. Ind. Chem. 23 (1995) 229-231

Laflamme, C.; Szalkai, I.: Counting simplexes in $R^n$ . Hung. J. Ind. Chem. 23 (1995) 237-240

Laflamme, C.; y I. Szalkai, I.: Counting simplexes in $R^3$ Electrón. J. Combin. 5 (1998) (1) #R40 11. Versión impresa en: J. Combin. 5 (1998) 597-607

Szalkai, I.: Manejo de sistemas multicomponentes en $R^n$ I Resultados teóricos. J. Math. Chem. 25 (1999) 31-46

Szalkai, I.: Sobre los operadores de valoración en estequiometría y en síntesis de reacción. J. Math. Chem. 27 (2000) 377-386

Szalkai, I.: Un nuevo método algorítmico general en las síntesis de reacción utilizando el álgebra lineal. J. Math. Chem. 28 (2000) 1-34

Szalkai, B.; Szalkai, I.: Recuento de reacciones mínimas con condiciones específicas en $R^4$ J. Math. Chem. 49 (2011) 1071-1085

Szalkai, I.; Dósa, G; Tuza, Z.; Szalkai, B.: On minimal solutions of systems of linear equations with applications. Miskolc Mathematical Notes 13 (2012) (2) 529-541

Szalkai, B.; Szalkai, I.: Simplexes and their applications - A short survey. Miskolc Math. Notes 14 (2013) (1) 279-290

Szalkai, I.; Tuza, Z.: Minimum Number of Affine Simplexes of Given Dimension. Discr. Appl. Math. 180 (2015) 141-149

Szalkai, I.: Algorithmic and Mathematical Examination of Reaction Mechanisms Tesis doctoral, Universidad de Panonia, Veszprém, Hungría, 2014

Szalkai, I: Una investigación algorítmica y matemática de las reacciones. Extracto en inglés de la tesis doctoral del autor, 2014.
Véanse los ejemplos y las referencias de los mismos.

Tóth , J.: Reaction Kinetics: Ejercicios, programas y teoremas. Springer, 2018
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3.)

La respuesta anterior trata las reacciones generales. Los pasos de reacción elementales subyacentes ( reacciones elementales ) se puede generar trabajando con el modelo Ugi-Dugundji: Las fórmulas químicas se presentan como gráficos junto con sus matrices gráficas (matrices de enlace-electrón (matrices BE) y matrices de reacción (matrices R)). Los pasos de reacción elementales individuales se generarán sucesivamente mediante el desplazamiento escalonado de electrones o enlaces en el conjunto de fórmulas químicas dadas mediante el desplazamiento escalonado de aristas individuales en la matriz de reacción.

Ugi, I.; Gillespie, P.; Gillespie, C.: La química, una topología métrica finita - planificación sintética, un ejercicio de álgebra. Trans. New York Acad. Sci. II 34 (1972) 416-432

Dugundji, J.; Ugi, I.: Un modelo algebraico de la química constitucional como base para los programas informáticos químicos. Top. Curr. Chem. 39 (1973) 19-64

Dugundji, J.; Gillespie, P. D.; Marquarding, D.; Ugi, I.; Ramírez, F.: Metric spaces and graphs representing the logical structure of chemistry. in: Chemical applications of graph theory. Balaban, A. T. (Ed.), Academic Press, Londres 1976, 107-174

Brandt, J.; Friedrich, J.; Gasteiger, J.; Jochum, C.; Wolfgang Schubert, W.; Ugi, I.: Computer programs for the deductive solution of chemical problems on the basis of a mathematical model of chemistry. in: Wipke, W. T.; Howe, W. J.: Computer-Assisted Organic Synthesis. American Chemical Society 1977, capítulo 2, 33-59

Ugi, I.; Brandt, J.; Friedrich, J.; Gasteiger, J.; Jochum, C.; Lemmen, P.; Wolfgang Schubert, W.: La solución deductiva de problemas químicos mediante programas informáticos sobre la base de un modelo matemático de química. Pure Appl. Chem. 50 (1978) 1303-1318

Ugi, I.; Brandt, J.; Friedrich, J.; Gasteiger, J.; Jochum, C.; Lemmen, P.; Schubert, W.: Programas informáticos para la solución deductiva de problemas químicos sobre la base de un modelo matemático de química. Pure Appl. Chem. 50 (1978) (11-12) 1303-1318

Behnke, C.; Bargon, J.: Computer-assisted topological analysis and completion of chemical reactions. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 30 (1990) (3) 228-237

Ugi, I; Dengler, A.: The algebraic and graph theoretical completion of truncated reaction equations. J. Math. Chem. 9 (1992) (1) 1-10

1voto

abaooooo34342 Puntos 16

Sólo se dan las fórmulas químicas de los productos y reactivos de un sistema químico. ¿Qué métodos matemáticos pueden utilizarse para determinar todas las reacciones químicas combinatorias posibles entre las especies de este sistema de reacción?

Tomemos el ejemplo mencionado en la pregunta, más el dihidrógeno para hacer un punto:

$$\ce{CO2, C7H10N, H2O, O2, H2 and NO2}$$

Podemos representar los specides del producto y del reactivo mediante vectores en los que los componentes del vector representan el número de H, C, N y O de cada uno. Así,

(0,1,0,2) es $\ce{CO2}$ ,

(10,7,1,0) es $\ce{C7H10N}$ ,

(2,0,0,1) es $\ce{H2O}$ ,

(0,0,0,2) es $\ce{O2}$ y

(0,0,1,2) es $\ce{NO2}$ .

Una ecuación química equilibrada es una combinación lineal de estos vectores con una suma de cero (los coeficientes negativos indican reactivos, los positivos productos). ¿Cuántas ecuaciones químicas equilibradas diferentes existen para este conjunto de moléculas?

En un conjunto de especies que pueda dar lugar a una ecuación equilibrada, cada elemento tiene que aparecer al menos dos veces. Si empiezo con $\ce{C7H10N}$ Está claro que también necesito $\ce{CO2}$ (para C), $\ce{NO2}$ (para N) y $\ce{H2O or H2}$ para H. Porque tenemos que usar $\ce{NO2 and CO2}$ También necesitamos algo con O. Los dos conjuntos posibles son:

$$\ce{C7H10N, CO2, NO2, H2O, and O2}$$ y $$\ce{C7H10N, CO2, NO2, H2, and O2}.$$

Además, puede utilizar el conjunto de $$\ce{H2O, H2, and O2}.$$

Aquí están las tres ecuaciones equilibradas:

$$ \ce{C7H10N + 10.5 O2-> 7CO2 + NO2 + 5H2O}$$ $$ \ce{C7H10N + 8O2 -> 7CO2 + NO2 + 5H2}$$ $$ \ce{H2O -> H2 + 0.5 O2}$$

Usando la reacción 3, puedes convertir la reacción 2 en la reacción 1. Habría que afinar un poco la pregunta para especificar cuántas reacciones cuenta esto (probablemente 2 en lugar de 3). Obviamente, multiplicar todos los coeficientes por una constante no debería contar como una nueva ecuación.

¿Y cómo funcionan estos métodos matemáticos?

Probablemente empezaría escribiendo un programa que hiciera el trabajo utilizando un algoritmo como el que he esbozado. Supongo que un centenar de especies diferentes podrían hacerse en una máquina con una sola CPU. Las combinaciones crecerán astronómicamente, pero hay algunos buenos criterios para excluir muchas de las combinaciones. Depende de lo diferentes que sean las especies en su composición atómica. Si todos son alcanos más carbono elemental e hidrógeno elemental, parece un número enorme de reacciones, pero todas se reducen a hacer cada alcano a partir de los elementos, y luego tener combinaciones lineales de las ecuaciones ya equilibradas (de nuevo, no estoy seguro de cómo contarías las reacciones únicas).

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