Una respuesta rápida al contenido de las viñetas:
1) Potencia / Error de tipo 1 en un análisis bayesiano frente a un análisis frecuentista
Preguntar por el tipo 1 y la potencia (es decir, uno menos la probabilidad de error de tipo 2) implica que puede poner su problema de inferencia en un marco de muestreo repetido. ¿Puede hacerlo? Si no se puede, no hay más remedio que alejarse de las herramientas de inferencia frecuentista. Si se puede, y si el comportamiento de su estimador a lo largo de muchas muestras es relevante, y si no está particularmente interesado en hacer declaraciones de probabilidad sobre eventos particulares, entonces no hay ninguna razón de peso para cambiar.
El argumento no es que esas situaciones no se den nunca -sin duda lo hacen-, sino que normalmente no se dan en los ámbitos en los que se aplican los métodos.
2) La compensación de la complejidad del análisis (el bayesiano parece más complicado) frente a los beneficios obtenidos.
Es importante preguntarse a dónde va la complejidad. En los procedimientos frecuentistas la aplicación puede ser muy simple, por ejemplo, minimizar la suma de cuadrados, pero la principios pueden ser arbitrariamente complejas, y suelen girar en torno a qué estimador(es) elegir, cómo encontrar la(s) prueba(s) adecuada(s), qué pensar cuando no están de acuerdo. Para un ejemplo, véase el debate aún vivo, recogido en este foro, sobre los diferentes intervalos de confianza para una proporción.
En los procedimientos bayesianos el aplicación pueden ser arbitrariamente complejas incluso en modelos que parecen que "deberían" ser simples, normalmente debido a integrales difíciles, pero el principios son extremadamente simples. Depende más bien de dónde quieras que esté el desorden.
3) Los análisis estadísticos tradicionales son sencillos, con pautas bien establecidas para sacar conclusiones.
Personalmente ya no me acuerdo, pero ciertamente mis alumnos nunca han sido sencillas, sobre todo debido a la proliferación de principios descrita anteriormente. Pero la cuestión no es realmente si un procedimiento es sencillo, sino si está más cerca de ser correcto dada la estructura del problema.
Por último, estoy en total desacuerdo con que haya "pautas bien establecidas para sacar conclusiones" en cualquiera de los dos paradigmas. Y creo que eso es un buena cosa. Seguro que "encontrar p<.05" es una directriz clara, pero ¿para qué modelo, con qué correcciones, etc.? ¿Y qué hago cuando mis pruebas no coinciden? En este caso, como en todos los demás, se necesita un criterio científico o de ingeniería.