La colocación de componentes es algo que puede requerir muchos días de reflexión y planificación, y realmente deberías empezar por analizar el flujo de corriente a través del circuito, separando las secciones críticas y no críticas, etc. No puedo abarcar todo eso, pero intentaré responder a algunos de tus detalles.
Como mencioné en mi comentario, un buen esquema tendrá pistas sobre la colocación de los componentes, y éste no es una excepción. Los condensadores de 1 µF por los que preguntas están todos situados cerca de su respectivo MOSFET, y esto revela su propósito: actúan como "depósitos de energía" para los cambios rápidos de corriente y deben colocarse cerca de los transistores.
SN x y SP x están a través de una resistencia de sensado de 5 mΩ y el condensador se dibuja justo a través de ella. Como puedes ver, probablemente habría sido más fácil dibujar la pierna inferior del condensador a tierra, pero se abstuvieron de hacerlo, probablemente porque quieren que lo coloques cerca. Aquí también es importante notar que aunque SP x están realmente conectadas a tierra, quieren que hagas un rastreo directamente a las almohadillas de las resistencias .
Los condensadores de 470 µF no deberían ser tan críticos. Son condensadores de alimentación a granel, y normalmente se colocan justo al lado de donde PVDD entra en la placa. También podrían colocarse cerca de la sección de alimentación, pero esos dos deberían ser los mismos - preferiblemente deberías tener la alimentación entrando en la placa donde se usa.
Por último, los divisores A/B/C/PVDD SENSE, no deberían ser críticos, ya que no habrá mucha corriente fluyendo a través de ellos. Yo los pondría en algún lugar entre la sección de potencia y la MCU en la placa. Están conectados al ADC, y como no conozco las velocidades involucradas, no puedo dar un mejor consejo.