Me parece que algunos aspectos de esta pregunta son difíciles de entender. Por ejemplo, la parte de "calcular el valor de la función requiere una inducción transfinita hasta $\varepsilon_0$ "parece confundir los métodos de prueba (como la inducción transfinita) con los métodos de cálculo. Además, gran parte (si no toda) de la pregunta parece referirse a los funcionales recursivos primitivos de tipo superior (como en la interpretación Dialéctica de Gödel) en lugar de a meras funciones recursivas primitivas. Por lo tanto, lo siguiente puede no ser lo que el OP estaba buscando, pero aquí va de todos modos:
No se puede decir mucho sobre la complejidad temporal del cálculo de funciones recursivas primitivas (de números naturales a números naturales), excepto que es recursiva primitiva y, por tanto, está limitada por un nivel finito $F_n$ de la jerarquía Grzegorczyk (esencialmente equivalente a la jerarquía de crecimiento rápido, creo).
Por otro lado, para los funcionales recursivos primitivos de tipo finito, se puede considerar el problema de la evaluación de términos de tipo 0 (es decir, términos que denotan números naturales). Aquí, el único límite que puedo ver para la complejidad temporal es el nivel $\varepsilon_0$ de la jerarquía Grzegorczyk. Para cualquier funcional recursivo primitivo fijo, la evaluación de sus valores numéricos tomaría un tiempo limitado por $F_\alpha$ para algunos $\alpha<\varepsilon_0$ pero los diferentes funcionales necesitarían diferentes $\alpha$ con ningún límite uniforme por debajo de $\varepsilon_0$ .
La relevancia del principio de prueba de la inducción transfinita hasta $\varepsilon_0$ (para fórmulas abiertas) es que esto es lo que se necesita, además de la aritmética recursiva primitiva, para demostrar que todo término cerrado de tipo 0, construido a partir de funcionales recursivos primitivos de tipo superior, puede ser reducido a un valor numérico.