Cómo introducir un raster en GRASS y volver a sacarlo: `rgrass7` readRAST no preserva las dimensiones

Question

Estoy tratando de introducir un raster en GRASS desde R y volver a sacarlo usando el rgrass7 paquete. Introducir la trama no parece ser un problema. Sin embargo, cuando intento sacarlo con el readRAST parece que las dimensiones de la trama se han reducido a [1,1].

¿Me falta algún argumento de la función? Todos los ejemplos que he visto utilizan simplemente el nombre del objeto GRASS.

¿Es un problema de mapset? No lo creía porque tenía entendido que la filosofía de rgrass7 es utilizar conjuntos de mapas y capas temporales.

Ver ejemplo reproducible:

library(raster)
#> Loading required package: sp

raster_image <- raster::raster(system.file("external/test.grd", package = "raster"))
raster_image <- as(raster_image, "SpatialGridDataFrame")

loc <- rgrass7::initGRASS("/usr/lib/grass70", home = tempdir(), override = TRUE)
rgrass7::writeRAST(raster_image, "raster_image", flags = c("overwrite"))
#>    0%   3%   6%   9%  12%  15%  18%  21%  24%  27%  30%  33%  36%  39%  42%  45%  48%  51%  54%  57%  60%  63%  66%  69%  72%  75%  78%  81%  84%  87%  90%  93%  96%  99% 100%
rgrass7::execGRASS("r.info", map = "raster_image")
#>  +----------------------------------------------------------------------------+
#>  | Map:      raster_image                   Date: Wed Jan 18 08:36:35 2017    |
#>  | Mapset:   file17053b43fb4e               Login of Creator: jose            |
#>  | Location: file170531b5b35a                                                 |
#>  | DataBase: /tmp/Rtmpn8cS5A                                                  |
#>  | Title:     ( raster_image )                                                |
#>  | Timestamp: none                                                            |
#>  |----------------------------------------------------------------------------|
#>  |                                                                            |
#>  |   Type of Map:  raster               Number of Categories: 0               |
#>  |   Data Type:    DCELL                                                      |
#>  |   Rows:         115                                                        |
#>  |   Columns:      80                                                         |
#>  |   Total Cells:  9200                                                       |
#>  |        Projection: x,y                                                     |
#>  |            N:     334000    S:     329400   Res:    40                     |
#>  |            E:     181600    W:     178400   Res:    40                     |
#>  |   Range of data:    min = 128.434005737305  max = 1805.78002929688         |
#>  |                                                                            |
#>  |   Data Description:                                                        |
#>  |    generated by r.in.bin                                                   |
#>  |                                                                            |
#>  |   Comments:                                                                |
#>  |    r.in.bin --overwrite -d input="/tmp/Rtmpn8cS5A/file170531b5b35a/file\   |
#>  |    17053b43fb4e/.tmp/josecomp/X530" output="raster_image" bytes=8 heade\   |
#>  |    r=0 bands=1 order="native" north=334000 south=329400 east=181600 wes\   |
#>  |    t=178400 rows=115 cols=80 anull=127                                     |
#>  |                                                                            |
#>  +----------------------------------------------------------------------------+

out_raster <- rgrass7::readRAST("raster_image")
#> Creating BIL support files...
#> Exporting raster as floating values (bytes=8)
#>    0% 100%
dim(raster_image)
#> [1] 9200    1
plot(raster_image)

dim(out_raster)
#> [1] 1 1
plot(out_raster)
#> Warning in min(x): no non-missing arguments to min; returning Inf
#> Warning in max(x): no non-missing arguments to max; returning -Inf
#> Error in seq.default(zlim[1], zlim[2], length.out = length(col) + 1): 'from' cannot be NA, NaN or infinite

Answer 1

Su Configuración de la región del mapset de GRASS son los culpables (incluso hay que crear un dir temporal). Pruebe algo como

region_check <- capture.output(execGRASS('g.region', flags = c('p'))

edit: (nah, just use `gmeta()` )

o hacer un truco: abra su mapset directamente en GRASS y ejecute g.region -p . Puedes hacer esto incluso con una ubicación temporal siempre y cuando no salgas de R, sólo tienes que navegar a la carpeta temporal correcta de R en la pantalla de inicio de GRASS.

Podrá configurar la región para que coincida con el archivo que ha importado, por ejemplo g.region raster=raster_image' .

edit2: es posible que después de esto, la ubicación aún no tenga un CRS genuino. g.region no lo establecerá, en su lugar necesita ejecutar g.proj -t -c georef='raster_image' o similar. La pega es que hay que hacerlo en el mapset PERMANENTE y luego g.region -d debe ejecutarse en todos los demás conjuntos de mapas.

Te sugiero que simplifiques tu vida modificando tu llamada a initGRASS para que empiece en PERMANENTE, por ejemplo.

rgrass7::initGRASS("/usr/lib/grass70", home = tempdir(), 
                   mapset = 'PERMANENT', override = TRUE)

Nunca he entendido por qué no es un comportamiento por defecto en GRASS. De todos modos, puedes establecer la proyección con g.proj . En particular, si se apunta a una trama en el disco utilizando la función georef= (por ejemplo georef=<filepath> o georef=raster@file@name ), obtendrá todos los ajustes de la región que coincidan con el archivo, no sólo la proyección.