Si estoy en lo cierto, se ven diferencias que no se explican por las diferencias sólo en los bordes de la trama. Si las celdas de sus rásteres de entrada y salida no se alinean, necesita establecer un ráster de ajuste en la configuración de su entorno. Para trabajar con rásteres en spatial analyst (o cualquier salida de ráster), normalmente querrá que el ráster de salida coincida con el de entrada, de lo contrario puede tener un número diferente de celdas totales en la salida. Específicamente querrá establecer esto en la sección de Extensión de Procesamiento (ver captura de pantalla), pero también es probable que quiera establecer el tamaño de las celdas (puede simplemente poner la capa original para ese valor, de modo que sea exactamente el mismo que el de entrada). El ráster de ajuste asegurará que las celdas se alineen con la entrada y también resultará en el mismo número de celdas para cada "Extracción por máscara" realizada usando la misma entrada y máscara. Podría ser que esto no estuviera estandarizado en sus entradas (amplíe y compare sus entradas raster para ver).
EDITAR: Así que he pensado que podría ayudar si añado algo más de contexto a lo que sospecho que es el problema. Si sus rásteres de entrada no están alineados, esto podría crear el problema que ha descrito. Si los rásteres de entrada están alineados y la capa de características del clip es la misma, no hay una explicación lógica para las diferencias en el área (¿excepto quizás un error de software?). Vea la captura de pantalla de "alineación de celdas". Puede comparar los rásteres de entrada acercándose lo suficiente para ver las celdas individuales y apagando y encendiendo el ráster superior mientras mira la intersección de las celdas (por ejemplo, como donde está el punto rojo en mi captura de pantalla). Si las celdas no se alinean perfectamente, seguramente tendrás diferencias en el área de salida.