Creo que la única manera de hacerlo actualmente es escribir un script personalizado que elimina la capa de la tabla de contenidos y luego borra el archivo shape.
Puedes crear uno de:
Processing Toolbox > Scripts > Tools > Create new script
Entonces usa algo como lo siguiente:
##Example=name
##Layer_to_delete=vector
from qgis.core import QgsMapLayerRegistry, QgsVectorFileWriter
layer = processing.getObject(Layer_to_delete)
QgsMapLayerRegistry.instance().removeMapLayer(layer.id())
QgsVectorFileWriter.deleteShapeFile(layer.source())
Guarde el script en su /.qgis2/processing/scripts
directorio. A continuación, añada el script personalizado de la lista de algoritmos a su modelo, seleccione, la capa de entrada como el Layer to delete
y establecer el Reproyectar capa como la herramienta algoritmo de los padres (el script se ejecutará cuando la herramienta haya terminado):
Cuando se ejecuta el modelo, una vez que el Reproyectar capa ha terminado, la capa de entrada seleccionada debe ser eliminada de la interfaz y borrada ( ¡asegúrese de guardar copias de seguridad! )