Definitivamente hay una conexión, pero la calidad de la misma depende de las expectativas de cada uno. Hay una gran interacción entre la geometría métrica que utiliza las álgebras de Clifford y los cuaterniones. Las álgebras de Clifford (o "geométricas") codifican información geométrica sobre el espacio subyacente.
Me gustaría mencionar tres de estas álgebras. En primer lugar, $C\ell_{0,2}(\mathbb{R})=\mathbb{H}$ .
En segundo lugar, para los euclidianos ordinarios $\mathbb{R}^3$ el álgebra $C\ell_{3,0}(\mathbb{R})$ contiene $\mathbb{H}$ como una subálgebra de elementos que promueven las rotaciones de la manera tradicional de los cuaterniones. (Por supuesto, MUCHAS álgebras de Clifford contienen copias $\mathbb{H}$ pero este es el que lo hace de forma "natural"). Estos son los llamados rotores en el álgebra.
Por último, pasando al espacio de Minkowski con $C\ell_{1,3}(\mathbb{R})$ Los rotores son un poco diferentes a los cuaterniones. Abarcan tanto las rotaciones espaciales como los impulsos de Lorentz y las mezclas de ambos. Creo que el fenómeno que has observado puede ser una sombra de estos rotores parecida a la de los cuaterniones.
En tu post parecía que estabas leyendo un artículo usando biquaterniones (cuaterniones complejos), y puedo recomendar otro buen artículo sobre eso si no lo has encontrado ya: consulta el artículo de Lambek Si Hamilton hubiera prevalecido: Los cuaterniones en la física (1995) Math.Intelligencer. En general es conocido por sus buenas exposiciones y es conocedor de este tema en particular (fue parte de su disertación).
P.D.: Si te preguntas por $C\ell_{3,1}(\mathbb{R})$ también es interesante, pero es no isomorfo a $C\ell_{1,3}(\mathbb{R})$ como $\mathbb{R}$ álgebras. Para los fines de la física, no creo que haya surgido ninguna evidencia para elegir una como "mejor".