En general, se considera que un microcontrolador es un dispositivo integrado que se programa internamente para realizar una tarea específica. La interacción con el usuario es mínima y la flexibilidad, escasa o nula. Un microcontrolador suele tener una potencia bastante baja y sólo dispone de pequeñas cantidades de memoria y ROM (flash).
En cambio, un sistema en chip es el otro extremo del espectro. Está más orientado a la flexibilidad total y la interacción con el usuario. Suele incluir controladores IO para hardware de mayor tamaño (como discos duros, etc.) e incluso, a veces, un adaptador gráfico. Un System-on-Chip es más parecido a un sistema informático completo, sí, en un chip.
Hay mucho cruce entre los dos: ¿cuándo deja de ser un microcontrolador y empieza a ser un sistema en chip? De ahí viene gran parte de la confusión.
Básicamente, si puede hacer lo mismo que un ordenador, se trata de un sistema en chip. Si está orientado, por ejemplo, a la gestión de la lista de contactos de un teléfono de sobremesa, a un sistema de entrada por teclado o al funcionamiento de los motores de una máquina CNC, entonces es un microcontrolador.
p.d., no me cite a mí en esto - como digo hay mucho cruce entre los dos.
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Gracias por aceptar mi respuesta, pero te recomiendo que la próxima vez esperes más tiempo antes de aceptarla. Es probable que otros tengan opiniones y puntos de vista diferentes, pero a menudo pueden pasar por alto una pregunta que ya tiene una respuesta aceptada; sé que a mí me pasa. Conviene dejar algo de tiempo para llegar a un consenso, sobre todo cuando se trata de una pregunta que aborda una zona gris.
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@Olin Genial, lo tendré en cuenta la próxima vez.